Chương VII Thông tư 156/2013/TT-BTC: Thủ tục hoàn thuế, bù trừ thuế

Chương VII Điều 49.

 Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với trường hợp có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết theo quy định của pháp luật về thuế GTGT, hoặc đối với trường hợp đang trong giai đoạn đầu tư chưa có thuế giá trị gia tăng đầu ra, hoặc bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh; trường hợp xuất khẩu là: Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này.

Điều 50. Hoàn thuế GTGT đối với dự án ODA

1. Đối với Chủ dự án và Nhà thầu chính

a) Nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT

Chủ dự án ODA thuộc diện được hoàn thuế GTGT nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT gửi Cục Thuế quản lý trực tiếp địa bàn nơi thực hiện dự án vào bất kỳ thời điểm nào khi phát sinh số thuế GTGT đầu vào được hoàn trong thời gian thực hiện dự án; trường hợp dự án ODA có liên quan đến nhiều tỉnh thì hồ sơ hoàn thuế GTGT gửi Cục Thuế quản lý trực tiếp nơi chủ dự án đóng trụ sở chính.

Nhà thầu nước ngoài thực hiện dự án ODA thuộc diện được hoàn thuế GTGT nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT gửi cơ quan thuế nơi nộp hồ sơ khai thuế.

b) Hồ sơ hoàn thuế GTGT

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước theo mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này;

- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào mẫu số 01-1/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này;

- Quyết định của cấp có thẩm quyền về việc phê duyệt dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại, dự án sử dụng vốn ODA vay ưu đãi được ngân sách nhà nước cấp phát (bản chụp có đóng dấu và chữ ký xác nhận của người có thẩm quyền của dự án). Trường hợp hoàn thuế nhiều lần thì chỉ xuất trình lần đầu.

- Xác nhận của cơ quan chủ quản dự án ODA về hình thức cung cấp dự án ODA là ODA không hoàn lại hay ODA vay được ngân sách nhà nước cấp phát ưu đãi thuộc đối tượng được hoàn thuế giá trị gia tăng (bản chụp có xác nhận của cơ sở) và việc không được ngân sách nhà nước cấp vốn đối ứng để trả thuế giá trị gia tăng. Người nộp thuế chỉ phải nộp tài liệu này với hồ sơ hoàn thuế lần đầu của dự án.

Trường hợp nhà thầu chính lập hồ sơ hoàn thuế thì ngoài những tài liệu nêu tại điểm này, còn phải có xác nhận của chủ dự án về việc dự án không được ngân sách nhà nước bố trí vốn đối ứng để thanh toán cho nhà thầu theo giá có thuế giá trị gia tăng; giá thanh toán theo kết quả thầu không có thuế giá trị gia tăng và đề nghị hoàn thuế cho nhà thầu chính.

2. Đối với Văn phòng đại diện nhà tài trợ dự án ODA

a) Nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT

Văn phòng đại diện nhà tài trợ dự án ODA thuộc diện được hoàn thuế GTGT nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT gửi Cục Thuế quản lý địa bàn nơi đặt văn phòng điều hành của dự án vào bất kỳ thời điểm nào khi phát sinh số thuế GTGT đầu vào được hoàn trong thời gian thực hiện dự án.

b) Hồ sơ hoàn thuế GTGT

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước theo mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này;

- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào mẫu số 01-1/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này;

- Văn bản thỏa thuận giữa cơ quan nhà nước có thẩm quyền của Việt Nam với Nhà tài trợ về việc thành lập Văn phòng đại diện (bản chụp có xác nhận của Văn phòng).

- Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc thành lập Văn phòng đại diện (bản chụp có xác nhận của Văn phòng).

Điều 51. Hoàn thuế đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại của nước ngoài mua hàng hoá, dịch vụ có thuế GTGT ở Việt Nam để viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo.

1. Nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT

Các tổ chức, cá nhân nêu trên thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT vào bất kỳ thời điểm nào khi phát sinh số thuế GTGT đầu vào được hoàn.

2. Hồ sơ hoàn thuế GTGT

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước theo mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này;

- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào mẫu số 01-1/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này;

- Văn bản phê duyệt các khoản viện trợ của cấp có thẩm quyền (bản chụp có xác nhận của người nộp thuế);

- Văn bản xác nhận của Bộ Tài chính (đối với viện trợ nước ngoài thuộc nguồn thu ngân sách trung ương) hoặc của Sở Tài chính (đối với viện trợ nước ngoài thuộc nguồn thu ngân sách địa phương) về khoản tiền viện trợ của tổ chức phi chính phủ nước ngoài nêu rõ: tên tổ chức viện trợ, giá trị khoản viện trợ, cơ quan tiếp nhận, quản lý viện trợ.

Điều 52. Hoàn thuế GTGT đối với đối tượng hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao.

1. Nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế và thủ tục giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT

Các Cơ quan đại diện thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT, trong vòng 10 (mười) ngày đầu của tháng đầu quý, lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế của quý trước và gửi hồ sơ cho Cục Lễ tân nhà nước trực thuộc Bộ Ngoại giao để xác nhận hồ sơ hoàn thuế GTGT.

Trong vòng 15 (mười lăm) ngày làm việc kể từ khi nhận đầy đủ hồ sơ, Cục Lễ tân nhà nước có trách nhiệm xem xét hồ sơ và xác nhận về đối tượng, danh mục và số lượng hàng hoá, dịch vụ được hoàn thuế GTGT. Sau khi Cục Lễ tân nhà nước đã có xác nhận hồ sơ hoàn thuế GTGT, Cục Lễ tân nhà nước chuyển hồ sơ cho Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương giải quyết.

Đối với trường hợp không thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT hoặc hồ sơ hoàn thuế GTGT được lập không đầy đủ, Cục Lễ tân nhà nước gửi trả hồ sơ hoàn thuế cho đối tượng hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao trong vòng 05 (năm) ngày kể từ ngày nhận hồ sơ.

2. Hồ sơ hoàn thuế GTGT

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước theo mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này có xác nhận của Cục Lễ tân nhà nước trực thuộc Bộ Ngoại giao.

- Bảng kê thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho cơ quan đại diện ngoại giao theo mẫu số 01-2/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này và Bảng kê thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho viên chức ngoại giao tại Việt Nam theo mẫu số 01-3/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này.

- Bản gốc kèm theo 02 (hai) bản chụp hóa đơn GTGT có đóng dấu của cơ quan đại diện. Cơ quan thuế sẽ trả lại các hóa đơn gốc cho cơ quan đại diện sau khi thực hiện hoàn thuế GTGT.

Điều 53. Hoàn thuế thu nhập cá nhân

Việc hoàn thuế thu nhập cá nhân chỉ áp dụng đối với những cá nhân đã có mã số thuế tại thời điểm đề nghị hoàn thuế.

Đối với cá nhân đã ủy quyền quyết toán thuế cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện quyết toán thay thì việc hoàn thuế của cá nhân được thực hiện thông qua tổ chức, cá nhân trả thu nhập.

Cá nhân trực tiếp quyết toán với cơ quan thuế nếu có số thuế nộp thừa thì được hoàn thuế, hoặc bù trừ với số thuế phải nộp của kỳ tiếp theo.

1. Hoàn thuế đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện quyết toán thay cho các cá nhân có ủy quyền quyết toán thuế.

Trường hợp tổ chức, cá nhân trả thu nhập sau khi bù trừ số thuế nộp thừa, nộp thiếu của các cá nhân mà có số thuế nộp thừa, nếu đề nghị cơ quan thuế hoàn trả thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập nộp hồ sơ hoàn thuế cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý. Hồ sơ hoàn thuế bao gồm:

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này.

- Bản chụp chứng từ, biên lai nộp thuế thu nhập cá nhân và người đại diện hợp pháp của tổ chức, cá nhân trả thu nhập ký cam kết chịu trách nhiệm tại bản chụp đó.

2. Đối với cá nhân có thu nhập từ kinh doanh; cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế nếu có số thuế nộp thừa thì cá nhân không phải nộp hồ sơ hoàn thuế mà chỉ cần ghi số thuế đề nghị hoàn vào chỉ tiêu [45] - “Số thuế hoàn trả vào tài khoản NNT” hoặc chỉ tiêu [47] - “Tổng số thuế bù trừ cho các phát sinh của kỳ sau” tại tờ khai quyết toán thuế theo mẫu số 09/KK-TNCN khi quyết toán thuế.

3. Đối với cá nhân chuyển nhượng chứng khoán có nhu cầu quyết toán thuế nếu có số thuế nộp thừa thì cá nhân không phải nộp hồ sơ hoàn thuế mà chỉ cần ghi số thuế đề nghị hoàn vào chỉ tiêu số [31] - “Số thuế hoàn trả vào tài khoản NNT” hoặc chỉ tiêu số [33] - “Số thuế bù trừ vào kỳ sau” tại tờ khai quyết toán thuế theo mẫu số 13/KK-TNCN khi quyết toán thuế.

Điều 54. Hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần

1. Nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế

Tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần tại Cục Thuế quản lý địa bàn nơi tổ chức có trụ sở điều hành, nơi cá nhân có cơ sở thường trú hoặc tại Cục Thuế nơi tổ chức, cá nhân đã nộp số thuế đề nghị hoàn.

2. Hồ sơ hoàn thuế

- Giấy đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần theo mẫu số 02/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này.

- Bản gốc (hoặc bản chụp đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước cư trú cấp đã được hợp pháp hóa lãnh sự (ghi rõ là đối tượng cư trú trong năm tính thuế nào).

- Bản chụp hợp đồng kinh tế, hợp đồng cung cấp dịch vụ, hợp đồng đại lý, hợp đồng ủy thác, hợp đồng chuyển giao công nghệ, chứng từ chứng minh cho việc doanh nghiệp khai thác tàu (trong trường hợp doanh nghiệp vận tải quốc tế) hay hợp đồng lao động ký với tổ chức, cá nhân Việt Nam, giấy chứng nhận tiền gửi tại Việt Nam, giấy chứng nhận góp vốn vào Công ty tại Việt Nam (tuỳ theo loại thu nhập trong từng trường hợp cụ thể) có xác nhận của người nộp thuế.

- Chứng từ nộp thuế có xác nhận của Kho bạc nhà nước, ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng, cơ quan thuế khi thu tiền thuế hoặc bản chụp chứng từ nộp thuế có xác nhận của người nộp thuế.

- Xác nhận của tổ chức, cá nhân Việt Nam ký kết hợp đồng về thời gian và tình hình hoạt động thực tế theo hợp đồng.

- Giấy ủy quyền trong trường hợp tổ chức, cá nhân ủy quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục áp dụng Hiệp định. Trường hợp tổ chức, cá nhân lập giấy ủy quyền để ủy quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục hoàn thuế vào tài khoản của đối tượng khác cần thực hiện thủ tục hợp pháp hóa lãnh sự (nếu việc ủy quyền được thực hiện ở nước ngoài) hoặc công chứng (nếu việc ủy quyền được thực hiện tại Việt Nam) theo quy định.

Trường hợp tổ chức, cá nhân không thể cung cấp đủ các thông tin hoặc các tài liệu theo yêu cầu của Hồ sơ hoàn thuế theo Hiệp định, đề nghị giải trình cụ thể tại Giấy đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định mẫu số 02/ĐNHT nêu trên để cơ quan thuế xem xét, quyết định.

Điều 55. Hồ sơ hoàn thuế, phí nộp thừa đối với người nộp thuế sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu, chấm dứt hoạt động

Hồ sơ hoàn thuế bao gồm:

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này;

- Quyết định của cấp có thẩm quyền về việc sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu, chấm dứt hoạt động;

- Hồ sơ quyết toán thuế hoặc hồ sơ khai thuế đến thời điểm sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu, chấm dứt hoạt động.

Điều 56. Hoàn thuế GTGT đối với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ và vật tư xây dựng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp

1. Phạm vi áp dụng thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 1 Thông tư số 92/2010/TT-BTC ngày 17/6/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn thủ tục gia hạn nộp thuế và hoàn thuế GTGT đối với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ và vật tư xây dựng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp.

- Trường hợp cơ sở kinh doanh thành lập từ dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư nhưng chưa đi vào hoạt động, nếu có nhu cầu đề nghị hoàn thuế trước khi nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu hàng hóa thì thực hiện lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT riêng đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc loại trong nước chưa sản xuất được nêu trên và kê khai vào hồ sơ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo quy định.

- Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất, đang trong giai đoạn đầu tư:

+ Đối với dự án đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi đóng trụ sở chính thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT hàng hóa nhập khẩu thuộc loại trong nước chưa sản xuất được nêu trên cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Trường hợp sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT hàng hóa nhập khẩu thuộc loại trong nước chưa sản xuất được nêu trên mà chưa được khấu trừ hết thì được hoàn thuế theo dự án đầu tư.

+ Đối với dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, nếu có nhu cầu đề nghị hoàn thuế trước khi nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu hàng hóa thì thực hiện lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT riêng đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc loại trong nước chưa sản xuất được nêu trên và kê khai vào hồ sơ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo quy định.

2. Hồ sơ hoàn thuế

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này, trong đó ghi rõ số thuế GTGT hàng nhập khẩu của thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ và vật tư xây dựng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp và cam kết của doanh nghiệp.

- Bảng kê hồ sơ hàng hóa nhập khẩu theo mẫu số 01-4/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này.

3. Giải quyết hoàn thuế

- Trường hợp người nộp thuế đã gửi hồ sơ hoàn thuế nhưng chưa đầy đủ theo quy định, trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc, kể từ thời điểm tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế phải thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế hoàn chỉnh hồ sơ.

- Trường hợp hồ sơ hoàn thuế đầy đủ, chính xác, đúng đối tượng theo quy định, cơ quan thuế có trách nhiệm xem xét, kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế của cơ sở kinh doanh theo đúng quy trình hoàn thuế GTGT.

Trong thời gian tối đa 06 (sáu) ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế biết kết quả kiểm tra xác định hồ sơ hoàn thuế đã đủ điều kiện hoàn (kể cả trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau) và yêu cầu người nộp thuế nộp chứng từ nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu để cơ quan thuế ra quyết định hoàn thuế.

- Trong vòng 03 (ba) ngày làm việc kể từ khi nhận được chứng từ nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu, cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra đối chiếu chứng từ nộp thuế với số liệu đã kê khai trong hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và ra quyết định hoàn thuế. Trường hợp số thuế GTGT hàng nhập khẩu đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế thấp hơn số thuế đề nghị hoàn ban đầu thì số thuế được hoàn là số thuế đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế; trường hợp số thuế GTGT đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế cao hơn số thuế đề nghị hoàn ban đầu thì số thuế được hoàn là số thuế đề nghị hoàn ban đầu.

4. Người nộp thuế phải kê khai thuế GTGT đầu vào của hàng hóa nhập khẩu thuộc loại trong nước chưa sản xuất được để tạo tài sản cố định vào hồ sơ khai thuế GTGT đối với dự án đầu tư theo quy định. Nếu người nộp thuế đã đề nghị cơ quan thuế hoàn riêng số thuế GTGT đầu vào này trước khi nộp hồ sơ khai thuế thì vẫn thực hiện kê khai theo quy định nhưng không được lập hồ sơ đề nghị hoàn tương ứng với số thuế GTGT hàng nhập khẩu đã được hoàn.

Điều 57. Hồ sơ hoàn các loại thuế, phí khác

Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này và các tài liệu kèm theo (nếu có).

Điều 58. Giải quyết hồ sơ hoàn thuế

1. Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế

a) Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân là người nộp thuế và có mã số thuế thì được nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp của tổ chức, cá nhân đó.

Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân không phải là người nộp thuế thì nộp tại Cục Thuế quản lý địa bàn nơi tổ chức có trụ sở điều hành, nơi cá nhân có địa chỉ thường trú.

Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân trả thu nhập và cá nhân trực tiếp nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân thì được nộp tại nơi nộp hồ sơ quyết toán thuế.

b) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được nộp trực tiếp tại cơ quan thuế, công chức quản lý thuế tiếp nhận và đóng dấu tiếp nhận hồ sơ, ghi thời gian nhận hồ sơ, ghi nhận các tài liệu trong hồ sơ.

c) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được gửi qua đường bưu chính, công chức quản lý thuế đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thư của cơ quan thuế.

d) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được nộp thông qua giao dịch điện tử thì việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận hồ sơ hoàn thuế do cơ quan thuế thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.

đ) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế chưa đầy đủ, trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế phải thông báo cho người nộp thuế để hoàn chỉnh hồ sơ.

2. Các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế

- Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.

- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu, trừ trường hợp đề nghị hoàn thuế thu nhập cá nhân. Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế là người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế lần đầu và thuộc đối tượng, trường hợp được hoàn thuế. Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế lần đầu nhưng không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp theo vẫn xác định là đề nghị hoàn thuế lần đầu.

- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.

Trường hợp người nộp thuế có nhiều lần đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, nếu trong lần đề nghị hoàn thuế đầu tiên tính từ sau thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế, cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn quy định tại khoản 33 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, hoặc hành vi trốn thuế, gian lận thuế quy định tại Điều 108 Luật Quản lý thuế và khoản 34 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế thì những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế. Trường hợp phát hiện những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, người nộp thuế vẫn có hành vi khai sai đối với hồ sơ hoàn thuế, hành vi trốn thuế, gian lận thuế quy định tại khoản 33 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, Điều 108 Luật Quản lý thuế và khoản 34 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế vẫn thuộc đối tượng kiểm tra trước hoàn theo đúng thời hạn 02 (hai) năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.

- Hàng hóa, dịch vụ trong bộ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định, bao gồm cả hàng hóa, dịch vụ mua bán trong nội địa và hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, nhập khẩu. Quy định này không áp dụng đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT, cụ thể: Trường hợp hàng hóa, dịch vụ trong bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT không thực hiện thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật thuế GTGT thì cơ quan thuế không phải thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi hoàn thuế và xử lý không hoàn thuế GTGT đối với số thuế GTGT liên quan đến hàng hóa, dịch vụ này.

- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước.

- Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế; hoặc có giải trình, bổ sung lần hai nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng. Quy định này không áp dụng đối với phần hàng hóa, dịch vụ đủ điều kiện và thủ tục hoàn thuế theo quy định.

3. Trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế

a) Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c khoản này) thì chậm nhất là 06 (sáu) ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, căn cứ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp phải ban hành Thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo mẫu số 01/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư này hoặc Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này và/hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế theo mẫu số 02/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế.

Trường hợp này, đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau, khoảng thời gian kể từ ngày cơ quan thuế phát hành thông báo đề nghị giải trình, bổ sung đến ngày cơ quan thuế nhận được văn bản giải trình, bổ sung của người nộp thuế không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

b) Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c khoản này) thì chậm nhất là 40 (bốn mươi) ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp phải ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này và/hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế theo mẫu số 02/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế.

Thời gian giãn, hoãn việc kiểm tra trước hoàn thuế do nguyên nhân từ phía người nộp thuế không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

c) Đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế nộp thừa theo quy định tại khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH12 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế đã có xác nhận nộp thừa của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (như: xác nhận của cơ quan Hải quan về số tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu, hoặc biên bản thanh tra, kiểm tra thuế của cơ quan thuế kết luận số tiền thuế nộp thừa): Chậm nhất là 05 (năm) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp phải ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế. Trường hợp này, cơ quan thuế không thực hiện phân loại hồ sơ thuộc diện: hoàn thuế trước, kiểm tra sau; kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

d) Trường hợp cơ quan thuế kiểm tra xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn khác số thuế đề nghị hoàn thì xử lý như sau:

- Nếu số thuế đề nghị hoàn lớn hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đủ điều kiện được hoàn.

- Nếu số thuế đề nghị hoàn nhỏ hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đề nghị hoàn.

Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết tạm hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.

đ) Thẩm quyền hoàn thuế

Căn cứ vào số thuế người nộp thuế được hoàn, số thuế còn nợ, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp thực hiện theo một trong hai trường hợp sau:

- Ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này trong trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.

- Ban hành Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này trong trường hợp người nộp thuế được hoàn thuế theo hồ sơ hoàn thuế và còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các loại thuế khác.

Riêng trường hợp hoàn thuế GTGT của người nộp thuế do Chi cục Thuế quản lý trực tiếp thì Cục trưởng Cục Thuế quyết định hoàn thuế.

Trong các quyết định hoàn thuế nêu trên phải nêu rõ tên người nộp thuế được hoàn thuế, số thuế được hoàn, nơi nhận tiền hoàn thuế.

e) Trường hợp giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm do lỗi của cơ quan thuế thì ngoài số tiền thuế được hoàn theo quy định, người nộp thuế còn được trả tiền lãi tính trên số thuế bị hoàn chậm cho thời gian chậm giải quyết hoàn thuế. Lãi suất tính tiền lãi do hoàn thuế chậm là lãi suất cơ bản do Ngân hàng nhà nước công bố có hiệu lực tại thời điểm cơ quan thuế ra quyết định hoàn trả tiền thuế. Số ngày tính tiền lãi kể từ ngày tiếp theo ngày cuối cùng của thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định đến ngày ban hành Quyết định hoàn thuế/Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu Ngân sách nhà nước, bao gồm cả ngày nghỉ (thứ bảy, chủ nhật, ngày lễ, ngày tết).

Số tiền lãi được ghi trong quyết định hoàn thuế và người nộp thuế được thanh toán tiền lãi cùng với số tiền hoàn thuế.

Nguồn tiền trả lãi được lấy từ Quỹ hoàn thuế theo quy định của Bộ Tài chính.

4. Kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau

a) Việc kiểm tra sau hoàn thuế phải được thực hiện trong thời hạn 01 (một) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế đối với các trường hợp sau:

- Cơ sở kinh doanh kê khai lỗ 02 (hai) năm liên tục liền kề trước năm có quyết định hoàn thuế hoặc có số lỗ vượt quá vốn chủ sở hữu tính đến năm liền kề trước năm có quyết định hoàn thuế. Số lỗ được xác định theo hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp; trường hợp có biên bản thanh tra, kiểm tra của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền thì số lỗ được xác định theo kết luận thanh tra, kiểm tra.

- Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế từ hoạt động kinh doanh bất động sản, kinh doanh thương mại, dịch vụ. Trường hợp cơ sở sản xuất kinh doanh ngành nghề tổng hợp không tách riêng được số thuế được hoàn từ hoạt động kinh doanh bất động sản, thương mại, dịch vụ mà có tỷ lệ doanh thu của hoạt động kinh doanh bất động sản, thương mại, dịch vụ trên tổng doanh thu của toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh của cơ sở sản xuất kinh doanh của kỳ phát sinh số thuế đề nghị hoàn từ trên 50% trở lên thì áp dụng kiểm tra sau hoàn trong thời hạn 01 (một) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

- Cơ sở kinh doanh thay đổi trụ sở từ 02 (hai) lần trở lên trong vòng 12 (mười hai) tháng kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước;

- Cơ sở kinh doanh có sự thay đổi bất thường về doanh thu tính thuế và số thuế được hoàn trong giai đoạn 12 (mười hai) tháng, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.

b) Đối với trường hợp không thuộc quy định tại điểm a khoản này, việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 (mười) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

Điều 59. Hoàn trả tiền thuế, hoàn trả tiền thuế kiêm bù trừ với khoản phải nộp ngân sách nhà nước

1. Đối với hoàn trả thuế GTGT

a) Cục Thuế căn cứ Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này, lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu quy định; căn cứ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này, lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu quy định gửi Kho bạc nhà nước đồng cấp.

b) Kho bạc nhà nước đồng cấp thực hiện bù trừ các khoản thu ngân sách nhà nước hoặc chuyển cho Kho bạc nhà nước nơi người nộp thuế còn nợ để thực hiện thu ngân sách qua hình thức bù trừ, thực hiện hoàn trả tiền cho người được hoàn trả bằng chuyển khoản hoặc tiền mặt theo quy định cho người nộp thuế, sau đó báo nợ về Kho bạc nhà nước cấp trên để trích từ quỹ hoàn thuế GTGT.

Riêng trường hợp hoàn trả thuế GTGT theo hướng dẫn tại điểm a khoản 1 Điều 33 Thông tư này thì thực hiện theo hướng dẫn tại điểm b và điểm d khoản 2 Điều này.

2. Đối với hoàn trả các khoản thuế khác

a) Cơ quan thuế căn cứ Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này, lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu quy định; căn cứ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này, lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu quy định gửi Kho bạc nhà nước đồng cấp trên địa bàn. Kho bạc nhà nước đồng cấp thực hiện bù trừ các khoản thu ngân sách nhà nước, thực hiện hoàn trả bằng chuyển khoản hoặc tiền mặt theo quy định cho người nộp thuế.

b) Trường hợp hoàn các khoản thuế (trừ thuế TNCN) mà người nộp thuế đăng ký thuế tại một địa phương nhưng nộp thuế tại nhiều địa phương khác, cơ quan thuế lập và gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu quy định cho Kho bạc nhà nước đồng cấp với cơ quan thuế nơi người nộp thuế đăng ký kê khai, quyết toán thuế. Cơ quan thuế phải xác định và phân bổ số tiền phải hoàn trả cho từng địa phương nơi đã thu ngân sách nhà nước, số tiền phải bù trừ cho từng địa phương nơi được hưởng nguồn thu, mỗi địa phương ghi một dòng riêng trên Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN. Kho bạc nhà nước đồng cấp trên địa bàn thực hiện chuyển toàn bộ số tiền hoàn trả cho người được hoàn trả; làm thủ tục hạch toán hoàn trả phần thuộc trách nhiệm của địa phương mình, đồng thời, chuyển chứng từ để báo Nợ cho các Kho bạc nhà nước nơi thu ngân sách nhà nước, báo Có cho các Kho bạc nhà nước nơi được hưởng nguồn thu để hạch toán hoàn trả, bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước phần thuộc trách nhiệm của các địa phương đó.

c) Trường hợp hoàn trả thuế TNCN mà người nộp thuế nộp tại nhiều địa bàn, nhưng quyết toán thuế và làm thủ tục hoàn thuế tại một cơ quan thuế, thì cơ quan thuế lập và gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN cho Kho bạc nhà nước đồng cấp với cơ quan thuế nơi người nộp thuế đăng ký kê khai, quyết toán thuế. Kho bạc nhà nước hoàn trả và hạch toán hoàn trả thuế TNCN cho địa bàn nơi người nộp thuế thực hiện quyết toán thuế và làm thủ tục hoàn thuế.

d) Việc hạch toán hoàn trả thực hiện theo hai trường hợp

- Hoàn trả các khoản thu thuộc năm ngân sách, nếu Kho bạc nhà nước thực hiện hoàn trả trước khi kết thúc thời hạn chỉnh lý quyết toán ngân sách nhà nước năm đó thì Kho bạc nhà nước thực hiện hạch toán giảm thu năm ngân sách, theo từng cấp ngân sách, đúng mục lục ngân sách nhà nước của các khoản đã thu.

Trường hợp hoàn trả thuế TNCN bằng hình thức giảm thu ngân sách nhà nước, nhưng tổng số thu thuế TNCN trên địa bàn tại thời điểm hoàn trả không đủ để hoàn thuế, thì Kho bạc nhà nước hạch toán chi ngân sách để hoàn trả phần chênh lệch (như trường hợp hoàn trả khoản thu đã quyết toán vào niên độ năm trước).

- Hoàn trả các khoản thu sau thời gian chỉnh lý quyết toán ngân sách thì Kho bạc nhà nước hạch toán chi ngân sách năm hiện hành của từng cấp ngân sách, theo số tiền tương ứng với tỷ lệ phân chia khoản thu cho từng cấp ngân sách trước đó.

3. Luân chuyển chứng từ

Cơ quan thuế căn cứ phương thức hoàn trả, thanh toán (trả bằng tiền mặt, trả vào tài khoản của người nộp thuế tại Kho bạc nhà nước hoặc ngân hàng, hoàn trả tại Kho bạc Nhà nước khác địa bàn,...) để lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN đủ số liên cho các đối tượng liên quan. Cụ thể:

- Người nộp thuế được hoàn trả nhận được 01 (một) liên;

- Cơ quan thuế nơi ban hành quyết định hoàn trả nhận được 01 (một) liên do Kho bạc nhà nước gửi lại, sau khi đã xác nhận hạch toán hoàn trả;

- Kho bạc Nhà nước lưu 01 (một) liên làm căn cứ hạch toán hoàn trả;

- Trường hợp trả vào tài khoản tại ngân hàng thì ngân hàng được nhận 01 (một) liên để làm căn cứ hạch toán và lưu.

4. Cơ quan thuế căn cứ Quyết định hoàn thuế, Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước để thực hiện hạch toán khoản hoàn trả, bù trừ các khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định để theo dõi nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.