Quy trình kiểm tra hồ sơ thuế mới nhất năm 2025

1. Các trường hợp kiểm tra thuế

1.1. Các trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở của cơ quan quản lý thuế

Căn cứ Khoản 1 Điều 109 Luật Quản lý thuế 2019 quy định kiểm tra thuế tại trụ sở của cơ quan quản lý thuế do cơ quan quản lý thuế thực hiện đối với các hồ sơ thuế được quy định như sau:

• Kiểm tra thuế tại trụ sở của cơ quan thuế được thực hiện trên cơ sở hồ sơ thuế của người nộp thuế nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế, sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế. Công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế căn cứ vào mức độ rủi ro về thuế của hồ sơ thuế được phân loại từ cơ sở dữ liệu công nghệ thông tin hoặc theo phân công của thủ trưởng cơ quan thuế thực hiện phân tích hồ sơ thuế theo mức độ rủi ro về thuế để đề xuất kế hoạch kiểm tra tại trụ sở của cơ quan thuế hoặc xử lý theo quy định;
• Kiểm tra thuế tại trụ sở của cơ quan hải quan được thực hiện nhằm kiểm tra, đối chiếu, so sánh nội dung trong hồ sơ thuế với thông tin, tài liệu có liên quan, quy định của pháp luật về thuế, kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa trong trường hợp cần thiết đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Trường hợp kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của cơ quan hải quan thì thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan.

1.2. Các trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế

Căn cứ Khoản 1 Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019 quy định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế được thực hiện trong các trường hợp sau đây:

• Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước;
• Trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều 109 Luật Quản lý thuế 2019;
• Trường hợp kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của người khai hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan;
• Trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật;
• Trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề;
• Trường hợp theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước, Thanh tra nhà nước, cơ quan khác có thẩm quyền;
• Trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền, trừ trường hợp giải thể, chấm dứt hoạt động mà cơ quan thuế không phải thực hiện quyết toán thuế theo quy định của pháp luật.

2. Quy trình kiểm tra thuế mới nhất

Quy trình thanh tra, kiểm tra thuế hiện hành thực hiện Quy trình kiểm tra thuế được ban hành kèm theo Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023 của Tổng cụ Thuế. Quy trình này quy định về trình tự, thủ tục thực hiện công việc kiểm tra thuế của cơ quan thuế, công chức thuế trong các trường hợp sau:

2.1. Kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế.

* Áp dụng quản lý rủi ro và ưu tiên ứng dụng công nghệ thông tin trong kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế

• Các loại hồ sơ thuế gửi đến cơ quan thuế được kiểm tra theo cơ chế áp dụng quản lý rủi ro và ưu tiên ứng dụng công nghệ thông tin trong kiểm tra thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 107 Luật Quản lý thuế 2019.
• Đối với các loại hồ sơ thuế đã có ứng dụng công nghệ thông tin hỗ trợ kiểm tra hoặc hỗ trợ từng phần thì áp dụng toàn bộ hoặc từng phần ứng dụng công nghệ thông tin của ngành thuế để kiểm tra tính phù hợp, đầy đủ, chính xác của các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế, sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế, phát hiện rủi ro, sai phạm trong các hồ sơ thuế.
• Đối với các loại hồ sơ thuế chưa có ứng dụng công nghệ thông tin hỗ trợ kiểm tra thì thực hiện kiểm tra trực tiếp hồ sơ thuế so với quy định của pháp luật để đánh giá tính phù hợp, đầy đủ, chính xác của các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế, sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế, phát hiện rủi ro, sai phạm trong các hồ sơ thuế.

* Lập kế hoạch kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế

Lập kế hoạch kiểm tra hồ sơ thuế năm:

• Lựa chọn người nộp thuế để lập kế hoạch kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế từ kết quả phân tích rủi ro bằng ứng dụng hỗ trợ lập kế (Ứng dụng TPR và các ứng dụng hỗ trợ lập kế hoạch khác): Trên cơ sở danh sách người nộp thuế được lựa chọn từ kết quả phân tích rủi ro bằng ứng dụng hỗ trợ lập kế hoạch (Ứng dụng TPR và các ứng dụng hỗ trợ lập kế hoạch khác), sau khi đã loại trừ người nộp thuế thuộc danh sách kế hoạch thanh tra, kiểm tra, chuyên đề thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế thực hiện phân tích các tiêu chí rủi ro của ứng dụng để lựa chọn người nộp thuế lập kế hoạch kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế theo tỷ lệ %/tổng số người nộp thuế rủi ro cao còn lại. Việc lựa chọn kế hoạch kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế được ưu tiên thứ tự rủi ro cao, kết hợp xem xét lựa chọn người nộp thuế đã quá 05 (năm) năm chưa được thanh tra, kiểm tra thuế. Hàng năm, Tổng cục Thuế quy định tỷ lệ lựa chọn người nộp thuế để lập kế hoạch kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế phù hợp với yêu cầu thực tế quản lý thuế. Trường hợp sử dụng nhiều ứng dụng để lập kế hoạch, các ứng dụng cho kết quả chấm điểm rủi ro khác nhau, thì lựa chọn các kết quả rủi ro cao theo từng ứng dụng để lựa chọn lập danh sách người nộp thuế kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế.
• Lựa chọn người nộp thuế để lập kế hoạch kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế qua thực tế quản lý thuế: công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế thực hiện lập danh sách người nộp thuế có rủi ro cao, khai sai số thuế phải nộp qua thực tế quản lý thuế để lập kế hoạch kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế.
• Danh sách người nộp thuế được lựa chọn để kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế không trùng lặp với danh sách người nộp thuế thuộc kế hoạch thanh tra, kiểm tra, chuyên đề thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế của cơ quan thuế và cơ quan quản lý cấp trên.
• Danh sách người nộp thuế để kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế nêu trên phải được Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế trước ngày 25 tháng 12 hàng năm (mẫu số 01/QTKT ban hành kèm theo quy trình này). Thủ trưởng cơ quan thuế ký duyệt danh sách người nộp thuế thuộc kế hoạch kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế trước ngày 30/12 hàng năm.
• Danh sách người nộp thuế để kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế có thể điều chỉnh tùy thuộc vào thực tế phát sinh và phát hiện các hành vi vi phạm về thuế tại địa phương hoặc bổ sung, điều chỉnh khi thực hiện chạy ứng dụng hỗ trợ để lập kế hoạch, điều chỉnh kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế. Việc bổ sung, điều chỉnh danh sách người nộp thuế kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế do Thủ trưởng cơ quan thuế trực tiếp quản lý quyết định.

Phân công kiểm tra hồ sơ thuế được duyệt:

• Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký duyệt phân công Danh sách người nộp thuế thuộc kế hoạch kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế cho từng Tổ kiểm tra thuế: tối thiểu 02 người/01 Tổ kiểm tra/01 người nộp thuế. Tổ kiểm tra có thể thay đổi về nhân sự theo tình hình thực tế phát sinh trong quá trình quản lý thuế.

* Trình tự kiểm tra

Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo kế hoạch được duyệt:

Bước 1: Kiểm tra hồ sơ thuế:

Việc kiểm tra các nội dung rủi ro để xác định số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, số tiền thuế được hoàn theo phương pháp đối chiếu, so sánh như sau:

• Đối chiếu với các quy định của các văn bản pháp luật về thuế.
• Đối chiếu các chỉ tiêu trong tờ khai thuế với các tài liệu kèm theo (nếu có).
• Đối chiếu các chỉ tiêu phản ánh trong tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế (nếu có) với tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế (nếu có) của kỳ kê khai trước.
• Đối chiếu với các dữ liệu của người nộp thuế có quy mô kinh doanh tương đương, có cùng ngành nghề, mặt hàng đăng ký kinh doanh.
• Đối chiếu với các thông tin, tài liệu thu thập được từ các nguồn khác (nếu có).

Kết thúc kiểm tra, Tổ kiểm tra thuế phải nhận xét hồ sơ thuế theo mẫu số 02/QTKT ban hành kèm theo quy trình này đối với các nội dung đã thực hiện kiểm tra:

• Đối với các hồ sơ chưa phát hiện dấu hiệu rủi ro: Lập danh sách hồ sơ chưa phát hiện dấu hiệu rủi ro cùng phiếu nhận xét hồ sơ thuế theo mẫu số 02/QTKT báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế duyệt lưu hồ sơ.
• Thực hiện Bước 2 sau đây đối với các hồ sơ có rủi ro.

Trường hợp ứng dụng có hỗ trợ thì thực hiện in nhận xét hồ sơ thuế trên ứng dụng.

Bước 2: Xử lý kết quả kiểm tra và ra thông báo (lần 1) đối với hồ sơ thuế có rủi ro:

• Ban hành Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế: Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế đối với hồ sơ thuế có rủi ro cho các tổ kiểm tra theo mẫu số 03/QTKT ban hành kèm theo quy trình này.
• Trên cơ sở Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra, Tổ kiểm tra thuế báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ra thông báo (lần 1) theo mẫu 01/KTT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu đối với các nội dung rủi ro phát hiện qua kiểm tra hồ sơ thuế.

Các hồ sơ thuế kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo phân công, chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế, của Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế, hồ sơ rủi ro cao khác được thực hiện kiểm tra như đối với trường hợp rủi ro cao theo hướng dẫn tại khoản 1.2, khoản 1.3 Mục II Phần II Quy trình này để xác định nội dung yêu cầu giải trình.

Kiểm tra hồ sơ thuế theo Ứng dụng hỗ trợ kiểm tra toàn bộ:

Trình tự kiểm tra, lựa chọn người nộp thuế rủi ro cao bằng ứng dụng hỗ trợ kiểm tra toàn bộ cho một loại hồ sơ thuế (Ứng dụng kiểm tra hồ sơ thuế giá trị gia tăng tại trụ sở quan thuế và các ứng dụng hỗ trợ kiểm tra khác).

Bước 1: Kiểm tra hồ sơ thuế:

• Chậm nhất là 25 ngày sau ngày kết thúc hạn nộp hồ sơ thuế, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế sử dụng phần mềm ứng dụng kiểm tra để kiểm tra, lập danh sách người nộp thuế có rủi ro cao.
• Kết thúc kiểm tra mỗi hồ sơ thuế, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế phải in nhận xét hồ sơ thuế theo mẫu số 02/QTKT kèm theo Quy trình này đối với hồ sơ thuế rủi ro cao.

Trên cơ sở hồ sơ thuế rủi ro cao, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế đối chiếu, so sánh với chính sách thuế, hồ sơ liên quan, thực tế quản lý, ... xét thấy không rủi ro hoặc rủi ro không cao thì ghi nhận xét, báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế lưu hồ sơ và chịu trách nhiệm về kết quả kiểm tra của mình.

Bước 2: Xử lý kết quả kiểm tra, xác định trường hợp ra thông báo (lần 1):

• Đối với các hồ sơ thuế có tổng điểm rủi ro cao thực hiện Lập danh sách trên ứng dụng để kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế.
• Danh sách người nộp thuế kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế tại điểm này không phụ thuộc danh sách người nộp thuế kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế tại điểm a khoản 1.2 Mục II Phần II Quy trình. Tuy nhiên, cần kết hợp với kế hoạch thanh tra, kế hoạch kiểm tra và danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế tại các ứng dụng khác để thực hiện, đảm bảo tránh trùng lặp trong kiểm tra. Thứ tự ưu tiên thực hiện khi có trùng lặp: (1) danh sách thuộc kế hoạch thanh tra, kế hoạch kiểm tra, chuyên đề thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, (2) danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế tại điểm a khoản 1.3 Mục II Phần II Quy trình, (3) danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế tại điểm b khoản 1.3 Mục II Phần II Quy trình.
• Danh sách người nộp thuế kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế phải được Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký duyệt theo mẫu số 01/QTKT cùng Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế cho từng Tổ kiểm tra thuế (mẫu số 03/QTKT ban hành kèm theo quy trình này).
• Trên cơ sở Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra, Tổ kiểm tra thuế báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ra thông báo (lần 1) theo mẫu 01/KTT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu đối với các nội dung rủi ro phát hiện qua kiểm tra hồ sơ thuế.

* Xử lý kết quả kiểm tra hồ sơ thuế.

Xử lý khi ban hành thông báo lần 1:

Hồ sơ trình Thủ trưởng cơ quan thuế để thực hiện ra thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu lần 1:

• Tờ trình kèm theo.
• Dự thảo thông báo lần 1 (mẫu số 01/KTT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC).
• Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế.
• Bản nhận xét hồ sơ thuế.
• Hồ sơ thuế.

Thời hạn người nộp thuế phải giải trình, bổ sung thông tin tài liệu được ghi trong thông báo không quá 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo.

Việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu có thể được thực hiện trực tiếp tại trụ sở cơ quan thuế hoặc theo phương thức làm việc trực tuyến, giao dịch điện tử hoặc gửi văn bản giải trình qua đường bưu điện. Trường hợp người nộp thuế giải trình trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc giải trình theo phương thức làm việc trực tuyến thì Tổ kiểm tra thuế phải lập biên bản làm việc theo mẫu số 02/KTT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC

Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu mà chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận; Tổ kiểm tra báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt lưu hồ sơ giải trình, thông tin, tài liệu bổ sung cùng hồ sơ thuế.

Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu nhưng chưa đủ căn cứ chứng minh nội dung khai thuế là chính xác hoặc có những nội dung cần làm rõ thêm hoặc hết thời hạn thông báo lần 1 nhưng người nộp thuế không giải trình thì Tổ kiểm tra báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ra thông báo lần 2

Xử lý khi ban hành thông báo lần 2:

Hồ sơ trình Thủ trưởng cơ quan thuế để thực hiện ra thông báo lần 2:

• Tờ trình kèm theo.
• Dự thảo thông báo lần 2 (mẫu số 03/KTT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC)
• Bản giải trình, các thông tin tài liệu của người nộp thuế bổ sung theo thông báo lần 1 hoặc biên bản làm việc (đối với trường hợp người nộp thuế trực tiếp đến cơ quan thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu).

Toàn bộ hồ sơ trình theo thông báo giải trình, bổ sung thông tin tài liệu. Khi có thông báo lần 2 người nộp thuế có thể tiếp tục giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc tự giác khai bổ sung hồ sơ thuế và tự chịu trách nhiệm đối với nội dung khai bổ sung. Thời hạn giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung hồ sơ thuế là 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2.

Cơ quan thuế thông báo người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu không quá 02 (hai) lần.

Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu mà chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận; Tổ kiểm tra báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt lưu hồ sơ giải trình, thông tin, tài liệu bổ sung cùng hồ sơ thuế.

Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu theo thông báo lần 2 mà đủ căn cứ xác định hành vi vi phạm hành chính về thuế thì Tổ kiểm tra lập biên bản vi phạm hành chính, xử lý theo quy định.

Trường hợp người nộp thuế không thực hiện giải trình, cung cấp thông tin, tài liệu theo thông báo lần 1, mà đến hết thời hạn giải trình theo thông báo lần 2 vẫn không thực hiện giải trình, cung cấp thông tin tài liệu thì Tổ kiểm tra cần thực hiện xác minh địa điểm đăng ký kinh doanh của người nộp thuế và xử lý kết quả xác minh theo quy định

Hết thời hạn theo thông báo lần 2 của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu nhưng có kết quả xác minh vẫn hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh; hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế; hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì Tổ kiểm tra báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ấn định số thuế phải nộp nếu có đủ căn cứ ấn định; trong trường hợp không đủ căn cứ ấn định số thuế phải nộp, thì Tổ kiểm tra trình ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc làm cơ sở để xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro:

• Trường hợp ấn định thuế được thực hiện theo quy định tại Điều 14, Điều 15 và Điều 16 Nghị định 126/2020/NĐ-CP.
• Trường hợp không đủ căn cứ ấn định số thuế phải nộp, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế theo mẫu số 04/KTT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC
• Trường hợp xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra thì việc không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế; hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng được đánh giá là rủi ro cao để xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Trường hợp khi cơ quan thuế ban hành thông báo lần 1, lần 2 mà người nộp thuế có văn bản đề nghị hoãn thời gian giải trình bổ sung thông tin tài liệu vì lý do bất khả kháng thì Tổ kiểm tra xem xét, báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế quyết định việc hoãn thời gian giải trình bổ sung thông tin tài liệu trên cơ sở thực tế lý do bất khả kháng. Thông báo hoãn thời gian giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo mẫu số 04/QTKT ban hành kèm theo quy trình này.

2.2. Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế:

• Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại Điểm c Khoản 4 Điều 71 Thông tư 80/2021/TT-BTC (còn gọi là kiểm tra từ hồ sơ thuế).
• Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật qua công tác quản lý thuế theo quy định tại Điểm d Khoản 1 Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019 và các quy định pháp luật khác.
• Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp: hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo quy định (còn gọi là kiểm tra hoàn thuế).
• Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề do Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên quyết định; kiểm tra chuyên đề phát sinh trong năm do Thủ trưởng cơ quan thuế cùng cấp quyết định (còn gọi là kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề).
• Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước, Thanh tra nhà nước, cơ quan khác có thẩm quyền.
• Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với người nộp thuế chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh dẫn đến thay đổi cơ quan thuế quản lý và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền.

Quy trình này áp dụng cho Thủ trưởng cơ quan thuế, bộ phận được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế, đoàn kiểm tra thuế theo quyết định của người có thẩm quyền, công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế thuộc cơ quan thuế các cấp đối với các trường hợp nêu trên.

3. Thời gian kiểm tra thuế là bao lâu ?

Thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở của doanh nghiệp được quy định tại khoản 4 Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019 như sau:

[...

4. Trình tự, thủ tục kiểm tra thuế được quy định như sau:

a) Công bố quyết định kiểm tra thuế khi bắt đầu tiến hành kiểm tra thuế;

b) Đối chiếu nội dung khai báo với sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, kết quả phân tích rủi ro về thuế, dữ liệu thông tin kiểm tra tại trụ sở của cơ quan thuế các tài liệu có liên quan, tình trạng thực tế trong phạm vi, nội dung của quyết định kiểm tra thuế;

c) Thời hạn kiểm tra được xác định trong quyết định kiểm tra nhưng không quá 10 ngày làm việc tại trụ sở của người nộp thuế. Thời hạn kiểm tra được tính từ ngày công bố quyết định kiểm tra; trường hợp phạm vi kiểm tra lớn, nội dung phức tạp thì người đã quyết định kiểm tra có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 10 ngày làm việc tại trụ sở của người nộp thuế;

d) Lập biên bản kiểm tra thuế trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày hết thời hạn kiểm tra;

đ) Xử lý theo thẩm quyền hoặc đề nghị cấp có thẩm quyền xử lý theo kết quả kiểm tra.]

• Như vậy, theo quy định, thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở của doanh nghiệp được xác định trong quyết định kiểm tra nhưng không quá 10 ngày làm việc.
• Thời hạn kiểm tra được tính từ ngày công bố quyết định kiểm tra;
• Trường hợp phạm vi kiểm tra lớn, nội dung phức tạp thì người đã quyết định kiểm tra có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 10 ngày làm việc tại trụ sở của doanh nghiệp.

4. Phân biệt thanh tra thuế và kiểm tra thuế ?