Cách kê khai nộp thuế GTGT doanh nghiệp chế xuất mua hàng từ nội địa để xuất khẩu ra nước ngoài mới nhất 2025

1. Hướng dẫn kê khai nộp thuế GTGT đối với doanh nghiệp chế xuất mua hàng từ nội địa để xuất khẩu?

Tại khoản 6 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP có quy định riêng áp dụng đối với khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất như sau:

Quy định riêng áp dụng đối với khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất

...

6. Doanh nghiệp chế xuất được thực hiện các hoạt động kinh doanh khác theo quy định của pháp luật về đầu tư, pháp luật về doanh nghiệp và quy định khác của pháp luật có liên quan và đảm bảo đáp ứng các điều kiện sau đây:

a) Việc bố trí khu vực lưu giữ hàng hóa phục vụ hoạt động chế xuất phải bảo đảm ngăn cách với khu vực lưu giữ hàng hóa phục vụ các hoạt động sản xuất, kinh doanh khác;

b) Hạch toán riêng doanh thu, chi phí liên quan đến hoạt động chế xuất và các hoạt động kinh doanh khác;

Tại khoản 1 Điều 77 Thông tư 38/2015/TT-BTC có quy định về thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu, quyền phân phối của DNCX như sau:

Thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu, quyền phân phối của DNCX

1. DNCX được thực hiện mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến hoạt động mua bán hàng hóa tại Việt Nam theo quy định tại Nghị định số 23/2007/NĐ-CP ngày 12/2/2007 của Chính phủ phải thực hiện hạch toán riêng, không hạch toán chung vào hoạt động sản xuất; phải bố trí khu vực riêng để lưu giữ hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu theo quyền nhập khẩu, quyền xuất khẩu, quyền phân phối.

Tại khoản 1 Điều 8 Nghị định 126/2020/NĐ-CP quy định các loại thuế khai theo tháng, khai theo quý, khai theo năm, khai theo từng lần phát sinh nghĩa vụ thuế và khai quyết toán thuế như sau:

Các loại thuế khai theo tháng, khai theo quý, khai theo năm, khai theo từng lần phát sinh nghĩa vụ thuế và khai quyết toán thuế

1. Các loại thuế, khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước do cơ quan quản lý thuế quản lý thu thuộc loại khai theo tháng, bao gồm:

a) Thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân. Trường hợp người nộp thuế đáp ứng các tiêu chí theo quy định tại Điều 9 Nghị định này thì được lựa chọn khai theo quý.

…”

Tại khoản 1, khoản 2 Điều 9 Nghị định 126/2020/NĐ-CP quy định về tiêu chí khai thuế theo quý đối với thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập cá nhân như sau:

Tiêu chí khai thuế theo quý đối với thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập cá nhân

1. Tiêu chí khai thuế theo quý

a) Khai thuế giá trị gia tăng theo quý áp dụng đối với:

a.1) Người nộp thuế thuộc diện khai thuế giá trị gia tăng theo tháng được quy định tại điểm a khoản 1 Điều 8 Nghị định này nếu có tổng doanh thu bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống thì được khai thuế giá trị gia tăng theo quý. Doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ được xác định là tổng doanh thu trên các tờ khai thuế giá trị gia tăng của các kỳ tính thuế trong năm dương lịch.

Trường hợp người nộp thuế thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính cho đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh thì doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ bao gồm cả doanh thu của đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh.

a.2) Trường hợp người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh thì được lựa chọn khai thuế giá trị gia tăng theo quý. Sau khi sản xuất kinh doanh đủ 12 tháng thì từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm đã đủ 12 tháng sẽ căn cứ theo mức doanh thu của năm dương lịch trước liền kề (đủ 12 tháng) để thực hiện khai thuế giá trị gia tăng theo kỳ tính thuế tháng hoặc quý.

...

2. Người nộp thuế có trách nhiệm tự xác định thuộc đối tượng khai thuế theo quý để thực hiện khai thuế theo quy định.

a) Người nộp thuế đáp ứng tiêu chí khai thuế theo quý được lựa chọn khai thuế theo tháng hoặc quý ổn định trọn năm dương lịch.

…”

Tại Công văn 3008/CTHN-TTHT năm 2024 có hướng dẫn về chính sách thuế giá trị gia tăng đối với doanh nghiệp chế xuất như sau:

“Căn cứ các quy định trên, Cục Thuế TP Hà Nội hướng dẫn như sau:

- Doanh nghiệp chế xuất không phải là người nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hoạt động sản xuất để xuất khẩu nên không phải kê khai thuế GTGT với cơ quan thuế cho hoạt động này.

- Doanh nghiệp chế xuất phải hạch toán riêng giao dịch mua hàng từ nội địa để xuất khẩu (hoặc giao dịch nhập khẩu hàng để bán vào nội địa - gọi chung là quyền xuất nhập khẩu) và thực hiện đăng ký thuế với cơ quan thuế nội địa để kê khai nộp thuế GTGT riêng đối với hoạt động này (quyền xuất nhập khẩu).

Doanh nghiệp thực hiện kê khai thuế GTGT theo tháng theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 8 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ; trường hợp doanh nghiệp đáp ứng tiêu chí quy định tại điểm a khoản 1 Điều 9 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP thì được lựa chọn khai thuế GTGT theo quý.”

[ Nhập vào đây nhé... ]

Như vậy, doanh nghiệp chế xuất phải hạch toán riêng giao dịch mua hàng từ nội địa để xuất khẩu, không hạch toán chung vào hoạt động sản xuất và thực hiện đăng ký thuế với cơ quan thuế để kê khai nộp thuế GTGT riêng đối với hoạt động này.

Theo đó, trong trường hợp này doanh nghiệp thực hiện kê khai thuế GTGT theo tháng.

Tuy nhiên, doanh nghiệp chế xuất cũng có thể lựa chọn khai thuế GTGT theo quý nếu đáp ứng các tiêu chí sau:

(1) Người nộp thuế thuộc diện khai thuế giá trị gia tăng theo tháng nếu có tổng doanh thu bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống thì được khai thuế giá trị gia tăng theo quý.

• Doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ được xác định là tổng doanh thu trên các tờ khai thuế giá trị gia tăng của các kỳ tính thuế trong năm dương lịch.
• Trường hợp người nộp thuế thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính cho đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh thì doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ bao gồm cả doanh thu của đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh.

(2) Trường hợp người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh thì được lựa chọn khai thuế giá trị gia tăng theo quý.

• Sau khi sản xuất kinh doanh đủ 12 tháng thì từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm đã đủ 12 tháng sẽ căn cứ theo mức doanh thu của năm dương lịch trước liền kề (đủ 12 tháng) để thực hiện khai thuế giá trị gia tăng theo kỳ tính thuế tháng hoặc quý.

2. Doanh nghiệp chế xuất cung cấp hàng hóa cho hoạt động xuất khẩu ra nước ngoài có chịu thuế GTGT không?

Tại Điều 2 Thông tư 219/2013/TT-BTC có quy định về đối tượng chịu thuế GTGT như sau:

Đối tượng chịu thuế

Đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT) là hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh và tiêu dùng ở Việt Nam (bao gồm cả hàng hóa, dịch vụ mua của tổ chức, cá nhân ở nước ngoài), trừ các đối tượng không chịu thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 4 Thông tư này.”

Tại Điều 3 Thông tư 219/2013/TT-BTC có quy định về người nộp thuế như sau:

Người nộp thuế

Người nộp thuế GTGT là tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT ở Việt Nam, không phân biệt ngành nghề, hình thức, tổ chức kinh doanh (sau đây gọi là cơ sở kinh doanh) và tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng hóa, mua dịch vụ từ nước ngoài chịu thuế GTGT (sau đây gọi là người nhập khẩu) bao gồm:

...

6. Chi nhánh của doanh nghiệp chế xuất được thành lập để hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hóa tại Việt Nam theo quy định của pháp luật về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế.

…”

Như vậy, theo quy định pháp luật hiện hành, doanh nghiệp chế xuất không nằm trong đối tượng phải nộp thuế Giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa được cung cấp cho hoạt động xuất khẩu ra nước ngoài. Điều này có nghĩa là doanh nghiệp chế xuất không cần phải thực hiện việc kê khai thuế GTGT liên quan đến các giao dịch xuất khẩu hàng hóa này với cơ quan thuế.

Cụ thể, doanh nghiệp chế xuất được hưởng ưu đãi về thuế GTGT, trong đó bao gồm việc miễn trừ hoặc không áp dụng thuế GTGT đối với các hàng hóa xuất khẩu, nhằm khuyến khích và tạo điều kiện thuận lợi cho việc xuất khẩu hàng hóa và dịch vụ ra thị trường quốc tế. Do đó, doanh nghiệp chỉ cần tập trung vào việc quản lý và thực hiện các nghĩa vụ thuế liên quan đến các hoạt động nội địa khác, trong khi các giao dịch xuất khẩu hàng hóa sẽ không bị ảnh hưởng bởi nghĩa vụ kê khai thuế GTGT. Điều này không chỉ giúp giảm bớt gánh nặng hành chính cho doanh nghiệp mà còn hỗ trợ quá trình xuất khẩu diễn ra thuận lợi và hiệu quả hơn.

3. Hướng dẫn kê khai bổ sung thuế GTGT chuẩn quy định mới nhất 2025

Dưới đây là hướng dẫn cách kê khai bổ sung và điều chỉnh thuế GTGT trên phần mềm HTKK khi phát hiện sai sót trong tờ khai:

Bước 1: Truy cập phần mềm HTKK

Mở phần mềm HTKK và chọn loại tờ khai thuế GTGT mà bạn đã kê khai sai. Ví dụ, nếu sai tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT (theo TT 80/2021), bạn chọn mục “Thuế Giá trị gia tăng” và tờ khai mẫu 01/GTGT (TT 80/2021).

Bước 2: Chọn kỳ kê khai sai

Chọn kỳ mà tờ khai thuế bị sai. Ví dụ: nếu bạn làm sai tờ khai thuế của kỳ quý 1/2024, bạn sẽ chọn quý 1/2024 để thực hiện điều chỉnh bổ sung.

Bước 3: Lựa chọn trạng thái và số lần bổ sung

• Chọn trạng thái tờ khai là “Tờ khai bổ sung” khi bạn cần nộp lại tờ khai của kỳ tính thuế đó.
• Xác định số lần khai bổ sung (lần đầu tiên sẽ là lần 1, lần thứ hai là lần 2, v.v.).
• Kiểm tra lại ngày lập tờ khai bổ sung, đảm bảo ngày không vượt quá hạn nộp tờ khai chính thức cộng thêm 10 năm và không lớn hơn ngày hiện tại.

Bước 4: Nhấn “Đồng ý” để tiếp tục

Sau khi lựa chọn các thông tin cần thiết, bấm “Đồng ý” để tiến vào phần điều chỉnh tờ khai.

Bước 5: Điều chỉnh tờ khai

Phần mềm sẽ tự động lấy dữ liệu từ tờ khai gần nhất trong cùng kỳ tính thuế làm dữ liệu mặc định. Bạn sẽ tiếp tục điều chỉnh tờ khai theo cách thay thế, và phần mềm sẽ tự động tính toán các chỉ tiêu cần điều chỉnh.

Bước 6: Nhập mã giao dịch điện tử

Tại tab “01-KHBS”, bạn nhập mã giao dịch điện tử liên quan đến tờ khai bổ sung.

Bước 7: Nhấn “Tổng hợp KHBS”

Sau khi nhập đủ thông tin, bấm “Tổng hợp KHBS” để tiến hành tổng hợp kết quả kê khai bổ sung.

Bước 8: Xác nhận kết quả kê khai điều chỉnh

· Kiểm tra lại kết quả kê khai điều chỉnh và đảm bảo tất cả thông tin là chính xác.

Bước 9: Cung cấp lý do điều chỉnh

Điền lý do điều chỉnh trong phụ lục 01-1/KHBS để giải thích các thay đổi.

Bước 10: Ghi và kết xuất XML

Nhấn “Ghi” để lưu thông tin, sau đó kết xuất tệp XML và gửi tờ khai bổ sung qua mạng.

Bước 11: Nộp số tiền thuế tăng thêm và phạt chậm nộp

Cuối cùng, nộp số tiền thuế tăng thêm và các khoản phạt nếu có.

Với các bước trên, việc kê khai bổ sung thuế GTGT trên phần mềm HTKK trở nên dễ dàng và chính xác hơn.

4. Quy định về lập tờ khai bổ sung thuế giá trị gia tăng

Sau khi hết thời hạn nộp tờ khai ban đầu, doanh nghiệp có quyền kê khai bổ sung thuế GTGT để điều chỉnh những sai sót phát sinh. Việc kê khai bổ sung này phải thực hiện trước khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra hoặc thanh tra.

Các quy định cụ thể:

(1) Thời hạn và số lần:

• Doanh nghiệp có thể kê khai bổ sung trong vòng 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp tờ khai ban đầu và trước khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra.
• Không giới hạn số lần kê khai bổ sung.

(2) Nguyên tắc so sánh:

• Mỗi lần kê khai bổ sung, số liệu sẽ được so sánh với lần kê khai trước đó.
• Chỉ điều chỉnh những phần có sai sót: Sai tháng thì chỉnh sửa cho tháng đó, sai chỉ tiêu thì chỉnh sửa chỉ tiêu đó.

(3) Mẫu biểu:

• Phần mềm HTKK chỉ tự động tạo mẫu 01/KHBS khi có sự chênh lệch số liệu sau khi kê khai bổ sung.
• Nếu sai sót không làm thay đổi số tiền thuế, doanh nghiệp chỉ cần gửi công văn giải trình kèm theo tờ khai bổ sung đến cơ quan thuế.

(4) Điều chỉnh số tiền thuế:

Tăng: Doanh nghiệp phải nộp thêm số tiền chênh lệch và tiền phạt chậm nộp.

Giảm:

• Nếu giảm số tiền thuế phải nộp trong kỳ, số tiền này được chuyển sang kỳ kế tiếp.
• Nếu giảm số tiền thuế được khấu trừ:
• Chưa được hoàn lại: Kê khai đầy đủ vào mục C của mẫu 01/KHBS.
• Đã được hoàn lại: Nộp lại số tiền đã được hoàn sai vào ngân sách nhà nước.

Lưu ý:

• Sai sót giữa các tháng không được bù trừ cho nhau.
• Các chỉ tiêu tăng/giảm do kê khai bổ sung không được điều chỉnh trong tờ khai 01/GTGT của tháng phát hiện sai sót.

5. Các câu hỏi thường gặp

5.1. Kỳ kê khai thuế GTGT là gì?

Kỳ kê khai thuế GTGT là thời điểm mà doanh nghiệp phải thực hiện việc kê khai thuế GTGT và nộp thuế GTGT theo quy định của cơ quan thuế.

5.2. Khi nào lập tờ khai thuế GTGT?

Doanh nghiệp mới bắt đầu đi vào hoạt động sản xuất, kinh doanh thì được lựa chọn kê khai thuế GTGT theo quý. Sau khi hoạt động đủ 12 tháng thì từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm đã đủ 12 tháng, căn cứ theo mức doanh thu của năm dương lịch trước liền kề (đủ 12 tháng) để thực hiện kê khai theo tháng hoặc theo quý.

5.3. Nộp tờ khai thuế GTGT theo quý vào ngày nào?

Thời hạn doanh nghiệp hoàn thành khai và nộp tờ khai thuế GTGT là vào ngày 20 của tháng liền kề sau tháng phát sinh nghĩa vụ thuế. Với thời hạn nộp tờ khai thuế GTGT theo quý, tính theo hạn cuối vào ngày 30 (hoặc 31 là ngày cuối cùng) của tháng đầu quý sau.

5.4. Có bao nhiêu phương pháp kê khai thuế GTGT?

Hiện nay, theo quy định có 2 phương pháp tính thuế GTGT bao gồm phương pháp khấu trừ và phương pháp trực tiếp.