Chương V Thông tư 80/2021/TT-BTC: Thủ tục hoàn thuế

Chương V Mục 1. HOÀN THUẾ THEO QUY ĐỊNH CỦA PHÁP LUẬT VỀ THUẾ
Điều 27. Trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc xử lý hồ sơ hoàn thuế

1. Trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật thuế:

a) Hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật thuế giá trị gia tăng.

b) Hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định của pháp luật thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học.

c) Hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Điều ước quốc tế khác mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.

2. Trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế

a) Cục Thuế có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế nêu tại khoản 1 Điều này (trừ trường hợp quy định tại điểm b, c khoản này) đối với người nộp thuế do Cục Thuế quản lý trực tiếp và người nộp thuế do Chi cục Thuế quản lý trực tiếp.

Riêng các Cục Thuế thành phố Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh, Bình Dương, Đồng Nai, Cục trưởng Cục Thuế có thể phân công cho Chi cục Thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế do Chi cục Thuế quản lý trực tiếp và thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, bao gồm: phân loại hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước hoặc thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; xác định số thuế được hoàn; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số thuế được hoàn; dự thảo Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có); sau đó Chi cục Thuế chuyển toàn bộ hồ sơ cho Cục Thuế để tiếp tục thực hiện hoàn thuế theo quy định tại Thông tư này.

b) Cục Thuế nơi người nộp thuế khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế đối với dự án đầu tư của người nộp thuế.

c) Cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động.

Điều 28. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng

Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng (trừ trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo Điều ước quốc tế; hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động thực hiện theo quy định tại Điều 30, Điều 31 Thông tư này) gồm:

1. Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

2. Các tài liệu có liên quan theo trường hợp hoàn thuế, cụ thể như sau:

a) Trường hợp hoàn thuế dự án đầu tư:

a.1) Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;

a.2) Đối với dự án có công trình xây dựng: Bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc quyết định giao đất hoặc hợp đồng cho thuê đất của cơ quan có thẩm quyền; giấy phép xây dựng;

a.3) Bản sao Chứng từ góp vốn điều lệ;

a.4) Bản sao Giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ (được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ);

a.5) Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này, trừ trường hợp người nộp thuế đã gửi hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế;

a.6) Quyết định thành lập Ban Quản lý dự án, Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư, Quy chế tổ chức và hoạt động của chi nhánh hoặc Ban quản lý dự án đầu tư (nếu chi nhánh, Ban quản lý dự án thực hiện hoàn thuế).

b) Trường hợp hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu:

b.1) Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này, trừ trường hợp người nộp thuế đã gửi hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế;

b.2) Danh sách tờ khai hải quan đã thông quan theo mẫu số 01-2/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này đối với hàng hóa xuất khẩu đã thông quan theo quy định về pháp luật hải quan.

c) Trường hợp hoàn thuế chương trình, dự án sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại:

c.1) Trường hợp vốn ODA không hoàn lại do chủ chương trình, dự án trực tiếp quản lý, thực hiện:

c.1.1) Bản sao Điều ước quốc tế hoặc thỏa thuận vốn ODA không hoàn lại hoặc văn bản trao đổi về việc cam kết và tiếp nhận vốn ODA không hoàn lại; bản sao Quyết định phê duyệt Văn kiện dự án, phi dự án hoặc Quyết định đầu tư chương trình và Văn kiện dự án hoặc Báo cáo nghiên cứu khả thi được phê duyệt theo quy định tại điểm a, b khoản 2 Điều 80 Nghị định số 56/2020/NĐ-CP ngày 25/5/2020 của Chính phủ.

c.1.2) Giấy đề nghị xác nhận chi phí hợp lệ vốn sự nghiệp đối với chi sự nghiệp và giấy đề nghị thanh toán vốn đầu tư đối với chi đầu tư của chủ dự án theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 80 Nghị định số 56/2020/NĐ-CP ngày 25/5/2020 của Chính phủ và điểm a khoản 10 Điều 10 Nghị định số 11/2020/NĐ-CP ngày 20/01/2020 của Chính phủ.

c.1.3) Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

c.1.4) Bản sao văn bản xác nhận của cơ quan chủ quản chương trình, dự án ODA cho chủ chương trình, dự án về hình thức cung cấp chương trình, dự án ODA là ODA không hoàn lại thuộc đối tượng được hoàn thuế giá trị gia tăng và việc không được ngân sách nhà nước cấp vốn đối ứng để trả thuế giá trị gia tăng.

c.1.5) Trường hợp chủ chương trình, dự án giao một phần hoặc toàn bộ chương trình, dự án cho đơn vị, tổ chức khác quản lý, thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý và sử dụng vốn ODA không hoàn lại nhưng nội dung này chưa được nêu trong các tài liệu quy định tại điểm c.1.1, c.1.4 khoản này thì ngoài các tài liệu theo điểm c.1.1, c.1.2, c.1.3, c.1.4 khoản này, còn phải có thêm bản sao văn bản về việc giao quản lý, thực hiện chương trình, dự án ODA không hoàn lại của chủ chương trình, dự án cho đơn vị, tổ chức đề nghị hoàn thuế.

c.1.6) Trường hợp nhà thầu chính lập hồ sơ hoàn thuế thì ngoài các tài liệu quy định tại điểm c.1.1, c.1.2, c.1.3, c.1.4 khoản này, còn phải có bản sao hợp đồng ký kết giữa chủ dự án với nhà thầu chính thể hiện giá thanh toán theo kết quả thầu không bao gồm thuế giá trị gia tăng.

Người nộp thuế chỉ phải nộp các giấy tờ quy định tại điểm c.1.1, c.1.4, c.1.5, c.1.6 khoản này đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu hoặc khi có thay đổi, bổ sung.

c.2) Trường hợp vốn ODA không hoàn lại do nhà tài trợ trực tiếp quản lý, thực hiện:

c.2.1) Các giấy tờ theo quy định tại điểm c.1.1, c.1.3 khoản này;

c.2.2) Trường hợp Nhà tài trợ chỉ định Văn phòng đại diện của nhà tài trợ hoặc tổ chức quản lý, thực hiện chương trình, dự án (trừ trường hợp quy định tại điểm c.2.3 khoản này) nhưng nội dung này chưa được nêu trong các tài liệu quy định tại điểm c.1.1 khoản này thì phải có thêm các tài liệu sau:

c.2.2.1) Bản sao văn bản về việc giao quản lý, thực hiện chương trình, dự án ODA không hoàn lại của nhà tài trợ cho Văn phòng đại diện của nhà tài trợ hoặc tổ chức do nhà tài trợ chỉ định;

c.2.2.2) Bản sao văn bản của cơ quan có thẩm quyền về việc thành lập Văn phòng đại diện của nhà tài trợ, tổ chức do nhà tài trợ chỉ định.

c.2.3) Trường hợp nhà thầu chính lập hồ sơ hoàn thuế thì ngoài những tài liệu quy định tại điểm c.2.1 khoản này, còn phải có bản sao hợp đồng ký kết giữa nhà tài trợ với nhà thầu chính hoặc bản tóm tắt hợp đồng có xác nhận của nhà tài trợ về hợp đồng ký kết giữa nhà tài trợ với nhà thầu chính bao gồm các thông tin: số hợp đồng, ngày ký kết hợp đồng, thời hạn hợp đồng, phạm vi công việc, giá trị hợp đồng, phương thức thanh toán, giá thanh toán theo kết quả thầu không bao gồm thuế giá trị gia tăng.

Người nộp thuế chỉ phải nộp các giấy tờ quy định tại điểm c.1.1, c.2.2, c.2.3 khoản này đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu hoặc khi có thay đổi, bổ sung.

d) Trường hợp hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn tiền viện trợ không hoàn lại không thuộc hỗ trợ phát triển chính thức:

d.1) Bản sao Quyết định phê duyệt văn kiện chương trình, dự án, khoản viện trợ phi dự án và văn kiện chương trình, dự án, phi dự án theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 24 Nghị định số 80/2020/NĐ-CP ngày 08/7/2020 của Chính phủ;

d.2) Giấy đề nghị xác nhận chi phí hợp lệ vốn sự nghiệp đối với chi sự nghiệp và giấy đề nghị thanh toán vốn đầu tư đối với chi đầu tư của chủ dự án (trường hợp tiếp nhận viện trợ không hoàn lại thuộc nguồn thu ngân sách nhà nước) theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 24 Nghị định số 80/2020/NĐ-CP ngày 08/7/2020 của Chính phủ và điểm a khoản 10 Điều 10 Nghị định số 11/2020/NĐ-CP ngày 20/01/2020 của Chính phủ.

d.3) Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

Người nộp thuế chỉ phải nộp các giấy tờ quy định tại điểm d.1 khoản này đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu hoặc khi có thay đổi, bổ sung.

đ) Trường hợp hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn tiền viện trợ quốc tế khẩn cấp để cứu trợ và khắc phục hậu quả thiên tai tại Việt Nam:

đ.1) Bản sao Quyết định tiếp nhận viện trợ khẩn cấp để cứu trợ (trường hợp viện trợ quốc tế khẩn cấp để cứu trợ) hoặc Quyết định chủ trương tiếp nhận viện trợ quốc tế khẩn cấp để khắc phục hậu quả thiên tai và văn kiện viện trợ quốc tế khẩn cấp để khắc phục hậu quả thiên tai (trường hợp viện trợ quốc tế khẩn cấp để khắc phục hậu quả thiên tai) theo quy định tại khoản 6, 7, 8 Điều 3 Nghị định số 50/2020/NĐ-CP ngày 20/4/2020 của Chính phủ.

đ.2) Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

Người nộp thuế chỉ phải nộp các giấy tờ quy định tại điểm đ.1 khoản này đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu hoặc khi có thay đổi, bổ sung.

e) Trường hợp hoàn thuế ưu đãi miễn trừ ngoại giao:

e.1) Bảng kê thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào dùng cho cơ quan đại diện ngoại giao theo mẫu số 01-3a/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này có xác nhận của Cục Lễ tân nhà nước trực thuộc Bộ Ngoại giao về việc chi phí đầu vào thuộc diện áp dụng miễn trừ ngoại giao để được hoàn thuế.

e.2) Bảng kê viên chức ngoại giao thuộc đối tượng được hoàn thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01-3b/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

g) Hoàn thuế đối với ngân hàng thương mại là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng cho khách xuất cảnh:

Bảng kê chứng từ hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nước ngoài xuất cảnh theo mẫu số 01-4/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

h) Trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật: Quyết định của cơ quan có thẩm quyền.

Điều 29. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học

1. Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01a/ĐNHT ban hành kèm theo Nghị định số 14/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ.

2. Bản sao Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc người nộp thuế được sản xuất xăng sinh học, nộp theo hồ sơ hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt lần đầu.

Điều 30. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Điều ước quốc tế khác

1. Trường hợp đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần, hồ sơ gồm:

a) Giấy đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Điều ước quốc tế khác theo mẫu số 02/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

b) Tài liệu liên quan đến hồ sơ hoàn thuế, bao gồm:

b.1) Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước cư trú cấp đã được hợp pháp hóa lãnh sự trong đó ghi rõ là đối tượng cư trú trong năm tính thuế nào;

b.2) Bản sao hợp đồng kinh tế, hợp đồng cung cấp dịch vụ, hợp đồng đại lý, hợp đồng uỷ thác, hợp đồng chuyển giao công nghệ hoặc hợp đồng lao động ký với tổ chức, cá nhân Việt Nam, giấy chứng nhận tiền gửi tại Việt Nam, giấy chứng nhận góp vốn vào Công ty tại Việt Nam (tuỳ theo loại thu nhập trong từng trường hợp cụ thể) có xác nhận của người nộp thuế;

b.3) Văn bản xác nhận của tổ chức, cá nhân Việt Nam ký kết hợp đồng về thời gian và tình hình hoạt động thực tế theo hợp đồng (trừ trường hợp hoàn thuế đối với hãng vận tải nước ngoài);

b.4) Giấy ủy quyền trong trường hợp tổ chức, cá nhân uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục áp dụng Hiệp định thuế. Trường hợp tổ chức, cá nhân lập giấy uỷ quyền để uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục hoàn thuế vào tài khoản của đối tượng khác cần thực hiện thủ tục hợp pháp hóa lãnh sự (nếu việc uỷ quyền được thực hiện ở nước ngoài) hoặc công chứng (nếu việc uỷ quyền được thực hiện tại Việt Nam) theo quy định;

b.5) Bảng kê chứng từ nộp thuế theo mẫu số 02-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

2. Trường hợp đề nghị hoàn thuế theo Điều ước quốc tế khác, hồ sơ gồm:

a) Giấy đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Điều ước quốc tế khác theo mẫu số 02/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này có xác nhận của cơ quan đề xuất ký kết Điều ước quốc tế.

b) Tài liệu liên quan đến hồ sơ hoàn thuế, bao gồm:

b.1) Bản sao Điều ước quốc tế;

b.2) Bản sao hợp đồng với bên Việt Nam có xác nhận của tổ chức, cá nhân nước ngoài hoặc đại diện được uỷ quyền;

b.3) Bản tóm tắt hợp đồng có xác nhận của tổ chức, cá nhân nước ngoài hoặc đại diện được uỷ quyền. Bản tóm tắt hợp đồng gồm các nội dung sau: tên hợp đồng và tên các điều khoản của hợp đồng, phạm vi công việc của hợp đồng, nghĩa vụ thuế tại hợp đồng;

b.4) Giấy ủy quyền trong trường hợp tổ chức, cá nhân nước ngoài ủy quyền cho một tổ chức hoặc cá nhân Việt Nam thực hiện các thủ tục hoàn thuế theo Điều ước quốc tế. Trường hợp tổ chức, cá nhân lập giấy uỷ quyền để uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục hoàn thuế vào tài khoản của đối tượng khác cần thực hiện thủ tục hợp pháp hóa lãnh sự (nếu việc uỷ quyền được thực hiện ở nước ngoài) hoặc công chứng (nếu việc uỷ quyền được thực hiện tại Việt Nam) theo quy định;

b.5) Bảng kê chứng từ nộp thuế theo mẫu số 02-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

Điều 31. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động

1. Trường hợp thuộc diện cơ quan thuế phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế theo quy định tại điểm g khoản 1 Điều 110 Luật Quản lý thuế và Chương VIII Thông tư này thì người nộp thuế không phải gửi Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước.

Cơ quan thuế căn cứ kết quả kiểm tra tại Kết luận hoặc Quyết định xử lý và các tài liệu kiểm tra khác để xác định số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết đủ điều kiện hoàn thuế và thực hiện giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định tại Mục này.

2. Trường hợp không thuộc diện kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế nêu tại khoản 1 Điều này thì người nộp thuế lập và gửi Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này đến cơ quan thuế.

Điều 32. Tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế

1. Đề nghị hoàn thuế bằng hồ sơ điện tử

a) Người nộp thuế gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc qua các Cổng thông tin điện tử khác theo quy định về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế.

b) Việc tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử của người nộp thuế được thực hiện theo quy định về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế.

c) Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ghi trên Thông báo tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo mẫu số 01/TB-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này, cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 27 Thông tư này (sau đây gọi là cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế) trả Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo mẫu số 02/TB-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế theo mẫu số 04/TB-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này trong trường hợp hồ sơ không thuộc diện được hoàn thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc qua các Cổng thông tin điện tử khác nơi người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử.

2. Đề nghị hoàn thuế bằng hồ sơ giấy

a) Trường hợp người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế bằng giấy tại cơ quan thuế, công chức thuế kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ theo quy định. Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, công chức thuế đề nghị người nộp thuế hoàn thiện hồ sơ theo quy định. Trường hợp hồ sơ đầy đủ, công chức thuế gửi Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ theo mẫu số 01/TB-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này cho người nộp thuế và ghi sổ nhận hồ sơ trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

b) Trường hợp người nộp thuế gửi hồ sơ qua đường bưu chính, công chức thuế đóng dấu tiếp nhận, ghi ngày nhận hồ sơ và ghi sổ hồ sơ trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

c) Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế, cơ quan thuế gửi Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo mẫu số 02/TB-HT hoặc Thông báo về việc hồ sơ không đúng thủ tục theo mẫu số 03/TB-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này đối với hồ sơ gửi qua đường bưu chính hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế theo mẫu số 04/TB-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này trong trường hợp không thuộc đối tượng được hoàn thuế.

3. Hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế

Người nộp thuế đã gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế, nếu người nộp thuế có nhu cầu hủy hồ sơ thì phải có Văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo mẫu số 01/ĐNHUY ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này. Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được Văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế gửi Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo mẫu số 02/TB-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này cho người nộp thuế, đồng thời đóng hồ sơ đề nghị hoàn trên sổ ghi hồ sơ của cơ quan thuế.

Người nộp thuế được khai điều chỉnh số thuế đề nghị hoàn để chuyển khấu trừ tiếp vào tờ khai thuế của kỳ kê khai tiếp theo kể từ thời điểm có Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế, nếu đáp ứng đủ điều kiện kê khai, khấu trừ hoặc nộp lại hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

Trường hợp cơ quan thuế đã công bố quyết định kiểm tra trước hoàn thuế thì người nộp thuế không được gửi Văn bản đề nghị hủy hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Cơ quan thuế xử lý hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định tại Điều 110 Luật Quản lý thuế và Chương VIII Thông tư này.

Điều 33. Phân loại hồ sơ hoàn thuế

1. Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế là hồ sơ thuộc một trong các trường hợp sau đây:

a) Hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu của từng trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế. Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế gửi cơ quan quản lý thuế lần đầu nhưng không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp vẫn xác định là đề nghị hoàn thuế lần đầu. Các trường hợp cụ thể như sau:

a.1) Trường hợp hoàn theo quy định pháp luật thuế giá trị gia tăng bao gồm:

a.1.1) Hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ dự án đầu tư;

a.1.2) Hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu;

a.1.3) Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với chương trình, dự án ODA viện trợ không hoàn lại;

a.1.4) Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại không thuộc hỗ trợ phát triển chính thức của các cơ quan, tổ chức nước ngoài.

a.2) Hoàn thuế lần đầu theo quy định của pháp luật thuế tiêu thụ đặc biệt.

a.3) Hoàn thuế lần đầu đối với từng hợp đồng hoặc thỏa thuận ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam theo quy định của Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Điều ước quốc tế khác mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.

b) Hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế;

Trường hợp người nộp thuế có nhiều lần đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm, nếu trong lần đề nghị hoàn thuế đầu tiên tính từ sau thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn quy định tại Điều 142 Luật Quản lý thuế, hoặc hành vi trốn thuế quy định tại Điều 143 Luật Quản lý thuế thì những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế. Trường hợp phát hiện những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, người nộp thuế có hành vi khai sai đối với hồ sơ hoàn thuế, hành vi trốn thuế quy định tại Điều 142, Điều 143 Luật Quản lý thuế thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế vẫn thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế theo đúng thời hạn 02 năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế.

c) Hồ sơ hoàn thuế khi giao và chuyển giao (đối với doanh nghiệp nhà nước), giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động, bán đối với tổ chức, doanh nghiệp;

Trường hợp người nộp thuế theo quy định tại điểm này thuộc diện kiểm tra quyết toán thuế để chấm dứt hoạt động, đã xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì cơ quan thuế giải quyết hoàn trả trên cơ sở kết quả kiểm tra, không phân loại hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.

d) Hồ sơ hoàn thuế thuộc loại rủi ro về thuế cao theo phân loại quản lý rủi ro trong quản lý thuế;

đ) Hồ sơ hoàn thuế thuộc trường hợp hoàn thuế trước nhưng hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế hoặc có giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế nhưng không chứng minh được số tiền thuế đã khai là đúng;

e) Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không thực hiện thanh toán qua ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng khác theo quy định của pháp luật.

2. Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước là hồ sơ của người nộp thuế không thuộc trường hợp quy định tại khoản 1 Điều này.

Điều 34. Giải quyết hồ sơ hoàn thuế

1. Xác định số thuế được hoàn

a) Nguyên tắc xử lý khi cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn khác số thuế người nộp thuế đề nghị hoàn:

a.1) Trường hợp số thuế đề nghị hoàn lớn hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đủ điều kiện được hoàn.

a.2) Trường hợp số thuế đề nghị hoàn nhỏ hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đề nghị hoàn.

b) Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước.

Cơ quan thuế căn cứ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin về người nộp thuế do cơ quan thuế quản lý tại cơ sở dữ liệu để thực hiện kiểm tra hồ sơ của người nộp thuế tại trụ sở cơ quan thuế để xác định đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cụ thể:

b.1) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện đối chiếu số tiền thuế đề nghị hoàn tại hồ sơ hoàn thuế với hồ sơ khai thuế của người nộp thuế. Số tiền thuế được hoàn phải được khai thuế theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

 b.2) Trường hợp chưa đủ thông tin để xác định hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuế lập Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP gửi người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Thông báo được gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo, người nộp thuế có trách nhiệm gửi văn bản giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu theo Thông báo của cơ quan thuế.

Hết thời hạn theo Thông báo của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế; hoặc có văn bản giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế chuyển hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước hoàn thuế và gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn thuế theo mẫu số 05/TB-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này cho người nộp thuế trong thời hạn 06 ngày làm việc kể từ ngày chấp nhận hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 32 Thông tư này.

Khoảng thời gian kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu đến ngày cơ quan thuế nhận được văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của người nộp thuế không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế của cơ quan thuế.

c) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế:

Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết hoàn trả số thuế đã đủ điều kiện hoàn cho người nộp thuế, không chờ kết quả kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh hoặc yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.

Trường hợp tại Biên bản kiểm tra trước hoàn thuế xác định người nộp thuế vừa có số tiền thuế đủ điều kiện hoàn, vừa có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt bị truy thu thì cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý vi phạm pháp luật về thuế và bù trừ số tiền thuế được hoàn của người nộp thuế tại Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐ-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

d) Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế theo quy định của pháp luật về thuế và có dấu hiệu tội phạm, cơ quan thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan công an để xử lý theo quy định của Bộ Luật tố tụng hình sự.

đ) Quá thời hạn kiểm tra, thanh tra thuế nhưng cơ quan thuế chưa nhận được kết quả hoặc ý kiến, xác minh của cơ quan công an hoặc cơ quan có thẩm quyền thì xử lý như sau:

đ.1) Trường hợp cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn cho người nộp thuế, không chờ kết quả kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh hoặc yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.

đ.2) Trường hợp kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế, cơ quan thuế phải kết thúc kiểm tra, thanh tra đúng thời hạn quy định. Đối với số tiền thuế đã hoàn đang chờ kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan thuế phải nêu rõ trong biên bản kiểm tra, kết luận thanh tra về việc chưa đủ căn cứ kết luận số tiền thuế đủ điều kiện hoàn thuế. Khi có kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan thuế xác định số tiền thuế đã hoàn không đủ điều kiện được hoàn thuế thì ban hành Quyết định về việc thu hồi hoàn thuế theo mẫu số 03/QĐ-THH ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này và xử phạt, tính tiền chậm nộp (nếu có) theo quy định.

2. Xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác còn nợ ngân sách nhà nước được bù trừ với số thuế được hoàn.

Cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế thực hiện hoàn kiêm bù trừ với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác còn nợ ngân sách nhà nước (sau đây gọi là tiền thuế nợ) để thực hiện bù trừ với số tiền thuế được hoàn của người nộp thuế theo quy định.

Tiền thuế nợ của người nộp thuế được bù trừ (không bao gồm tiền thuế nợ đang thực hiện thủ tục để xoá nợ, tiền thuế nợ được nộp dần theo quy định tại Điều 83, Điều 124 Luật Quản lý thuế), bao gồm:

a) Tiền thuế nợ do cơ quan thuế quản lý trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế;

b) Tiền thuế nợ (trừ tiền phí, tiền lệ phí hải quan) do cơ quan hải quan cung cấp theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế;

c) Tiền thuế nợ theo văn bản đề nghị của các cơ quan, tổ chức được giao quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước không do cơ quan thuế quản lý thu theo quy định tại khoản 3 Điều 3 Luật Quản lý thuế (cơ quan khác).

d) Trường hợp người nộp thuế có số thuế còn được hoàn tại trụ sở chính nhưng đơn vị phụ thuộc có số tiền thuế nợ trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế thì cơ quan thuế phải tiếp tục thực hiện bù trừ. Trường hợp nhiều đơn vị phụ thuộc có số tiền thuế nợ thì thứ tự bù trừ ưu tiên cho khoản nợ có hạn nộp xa nhất của đơn vị phụ thuộc.

Trường hợp đơn vị phụ thuộc có số thuế còn được hoàn thì phải thực hiện bù trừ với số tiền thuế nợ của người nộp thuế tại trụ sở chính.

đ) Trường hợp người nộp thuế có số thuế còn được hoàn đề nghị cơ quan thuế trích số tiền thuế được hoàn để nộp thay tiền thuế nợ cho người nộp thuế khác thì cơ quan thuế xác định số tiền thuế được hoàn và bù trừ với số tiền thuế nợ của người nộp thuế khác sau khi đã bù trừ số tiền thuế nợ của người nộp thuế theo trình tự quy định tại điểm a, b, c, d khoản này.

e) Cơ quan thuế phải chịu trách nhiệm về số tiền thuế nợ trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế; cơ quan hải quan chịu trách nhiệm về số tiền nợ trên hệ thống của cơ quan hải quan đã cung cấp cho cơ quan thuế và cơ quan khác (cơ quan, tổ chức được giao quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước không do cơ quan thuế quản lý thu theo quy định tại khoản 3 Điều 3 Luật Quản lý thuế) chịu trách nhiệm về số tiền nợ ngân sách nhà nước đề nghị cơ quan thuế bù trừ. Sau khi nhận được Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Điều 36 Thông tư này, người nộp thuế có vướng mắc về số tiền thuế nợ đã bù trừ với số tiền thuế được hoàn thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế, cơ quan hải quan, cơ quan khác đề nghị bù trừ nợ có trách nhiệm giải quyết vướng mắc cho người nộp thuế theo quy định tại điểm này.

Trường hợp số tiền thuế nợ đã bù trừ cao hơn số tiền thuế nợ thực tế thì được xác định là khoản nộp thừa. Cơ quan thuế, cơ quan hải quan và cơ quan khác đề nghị số tiền thuế nợ bù trừ xử lý theo quy định tại Điều 25 Thông tư này và pháp luật có liên quan.

Điều 35. Áp dụng biện pháp nghiệp vụ trong giải quyết hồ sơ hoàn thuế

1. Cơ quan hải quan chịu trách nhiệm về thông tin hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trên Tờ khai hải quan theo quy định về pháp luật hải quan và pháp luật về quản lý thuế.

Trường hợp tờ khai hải quan không có trên cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan cung cấp, cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế có văn bản đề nghị cơ quan hải quan có liên quan cung cấp để có căn cứ giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nộp thuế.

2. Trên cơ sở kết quả phân tích, đánh giá rủi ro, yêu cầu về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng hoặc qua kiểm tra, phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, hải quan, cơ quan thuế có trách nhiệm cung cấp thông tin vi phạm của người nộp thuế cho cơ quan hải quan để thực hiện việc kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định.

Tổng cục Thuế định kỳ hàng quý vào ngày 20 tháng sau liền kề hoặc đột xuất trong trường hợp cần thiết gửi văn bản đề nghị Tổng cục Hải quan áp dụng tiêu chí phân luồng để thực hiện kiểm tra, giám sát đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc diện rủi ro cao về hoàn thuế. Văn bản đề nghị phải nêu rõ tiêu chí xác định và phương thức kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu đối với doanh nghiệp; mặt hàng; địa bàn, lĩnh vực hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu phù hợp với quy định của Luật hải quan.

Trong thời hạn chậm nhất 05 ngày làm việc kể từ khi nhận được văn bản đề nghị của Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan phải áp dụng tiêu chí phân luồng, biện pháp kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu. Trường hợp không áp dụng hoặc có vướng mắc, Tổng cục Hải quan có văn bản trao đổi với Tổng cục Thuế trong thời hạn nêu trên và nêu rõ lý do của việc không hoặc chưa áp dụng.

3. Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế mua hàng hóa, dịch vụ của người nộp thuế khác (bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ) có hành vi trốn thuế, cơ quan thuế phải bổ sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ; hoặc đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ bổ sung kế hoạch và thực hiện kiểm tra, thanh tra hoặc cung cấp thông tin về việc chấp hành pháp luật thuế của bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ để có căn cứ giải quyết hoàn thuế.

4. Trường hợp người nộp thuế có giao dịch thanh toán liên quan đến tổ chức, cá nhân có giao dịch đáng ngờ theo danh sách cảnh báo của cơ quan thanh tra, giám sát ngân hàng; hoặc qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có chứng từ thanh toán qua ngân hàng có nội dung chưa đầy đủ, chưa đúng quy định:

a) Cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế có văn bản yêu cầu tổ chức tín dụng, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán có liên quan cung cấp thông tin (bao gồm cả sổ phụ tài khoản) của người trả (hoặc chuyển) tiền, người thụ hưởng số tiền trên chứng từ (hoặc cá nhân liên quan đến người thụ hưởng) để có căn cứ giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng;

b) Cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế có văn bản đề nghị cơ quan hải quan cửa khẩu cung cấp thông tin về lượng tiền mặt (ngoại tệ hoặc đồng Việt Nam) mang qua cửa khẩu vào Việt Nam trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị của cơ quan thuế để có căn cứ giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền theo quy định.

5. Trong quá trình giải quyết hoàn thuế mà cơ quan thuế qua công tác kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật và đã chuyển hồ sơ cho cơ quan công an điều tra hoặc người nộp thuế bị cơ quan nhà nước có thẩm quyền thu giữ sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ liên quan đến số thuế đề nghị hoàn thì cơ quan thuế phải gửi Thông báo về việc hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn thuế theo mẫu số 04/TB-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này cho người nộp thuế. Cơ quan thuế thực hiện giải quyết hoàn thuế khi có kết quả hoặc ý kiến của cơ quan công an hoặc của cơ quan có thẩm quyền hoặc khi có đủ hồ sơ theo quy định.

Điều 36. Quyết định hoàn thuế

1. Cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế xác định số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế không được hoàn, số tiền thuế nợ phải bù trừ, số thuế đề nghị nộp thay vào ngân sách nhà nước cho người nộp thuế khác, số tiền thuế còn được hoàn trả cho người nộp thuế, thực hiện lập đề xuất hoàn thuế và dự thảo Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT), Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp được bù trừ theo mẫu số 01/PL-BT (nếu có), Thông báo về việc không được hoàn thuế theo mẫu số 04/TB-HT (nếu có) ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

2. Cơ quan thuế phải cập nhật đầy đủ trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế thông tin hồ sơ hoàn thuế, bao gồm: hồ sơ khai thuế, hồ sơ đề nghị hoàn, Biên bản kiểm tra hoàn thuế (nếu có), Quyết định về việc xử lý thuế qua thanh tra, kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế (nếu có), dự thảo Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp được bù trừ theo mẫu số 01/PL-BT (nếu có), hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có).

3. Chi cục Thuế được phân công tiếp nhận và giải quyết theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 27 Thông tư này chuyển toàn bộ hồ sơ giải quyết hoàn thuế theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều này cho Cục Thuế để xem xét ban hành Quyết định hoàn thuế. Cục Thuế ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT trong trường hợp người nộp thuế không còn tiền thuế nợ hoặc Quyết định hoàn kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT, Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp được bù trừ theo mẫu số 01/PL-BT (nếu có) trong trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế nợ hoặc người nộp thuế đề nghị bù trừ số thuế được hoàn trả với khoản nợ, khoản thu phát sinh của người nộp thuế khác, hoặc Quyết định thanh toán cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Điều 21 Thông tư số 72/2014/TT-BTC ngày 30/5/2014 của Bộ Tài chính được sửa đổi, bổ sung tại khoản 15 Điều 1 Thông tư số 92/2019/TT-BTC ngày 31/12/2019 của Bộ Tài chính đối với hoàn thuế cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng, Thông báo về việc không được hoàn thuế mẫu số 04/TB-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này. Cục Thuế chịu trách nhiệm về quyết định hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

4. Cơ quan thuế (trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều này) ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này trong trường hợp người nộp thuế không còn tiền thuế nợ hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT, Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp được bù trừ theo mẫu số 01/PL-BT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này trong trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế nợ hoặc người nộp thuế đề nghị bù trừ số thuế được hoàn trả với khoản nợ, khoản thu phát sinh của người nộp thuế khác hoặc Quyết định thanh toán cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Điều 21 Thông tư số 72/2014/TT-BTC ngày 30/5/2014 của Bộ Tài chính được sửa đổi, bổ sung tại khoản 15 Điều 1 Thông tư số 92/2019/TT-BTC ngày 31/12/2019 của Bộ Tài chính đối với hoàn thuế cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

5. Cơ quan thuế cập nhật, hạch toán đầy đủ các Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước hoặc Quyết định thanh toán cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng vào hệ thống ứng dụng quản lý thuế ngay trong ngày ban hành Quyết định.

Điều 37. Ban hành Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước

1. Cơ quan thuế ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, Quyết định thanh toán cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng thực hiện lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định về thực hiện chế độ kế toán ngân sách nhà nước và hoạt động nghiệp vụ Kho bạc Nhà nước.

Ngay sau khi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước được ban hành, cơ quan thuế gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước cho Kho bạc Nhà nước bằng phương thức điện tử; đối với các trường hợp không thực hiện được việc truyền nhận thông tin hoàn trả theo hình thức điện tử thì cơ quan thuế thực hiện gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước bằng giấy cho Kho bạc Nhà nước để thực hiện hoàn thuế cho người nộp thuế.

2. Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn thuế cho người nộp thuế trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày nhận được Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước do cơ quan thuế chuyển đến.

Điều 38. Trả kết quả giải quyết hoàn thuế

1. Cơ quan thuế gửi Thông báo về việc không được hoàn thuế (đối với số thuế không được hoàn trả), Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước hoặc Quyết định thanh toán cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nộp thuế, cơ quan, tổ chức có liên quan qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế ngay trong ngày hoặc chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày ban hành Quyết định, Thông báo.

2. Trường hợp Cục Thuế ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước hoặc Quyết định thanh toán cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng đối với người nộp thuế do Chi cục Thuế quản lý thì Cục Thuế gửi Quyết định cho Chi cục Thuế để theo dõi nghĩa vụ của người nộp thuế.

3. Trường hợp người nộp thuế bù trừ số thuế được hoàn với số tiền thuế nợ của người nộp thuế khác hoặc bù trừ với số phải nộp tại cơ quan thuế khác theo quy định tại Điều 34 Thông tư này thì cơ quan thuế ban hành Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước gửi Quyết định cho cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước, cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ được bù trừ để hạch toán thu ngân sách nhà nước.

Điều 39. Thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế đối với người nộp thuế

1. Cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế theo quy định tại Mục 1, Mục 2, Mục 3 Chương XIII Luật Quản lý thuế và quy định của pháp luật về thanh tra, kiểm tra.

2. Căn cứ kết quả kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế, trường hợp phát hiện số thuế đã hoàn chưa đúng quy định, cơ quan thuế ban hành Quyết định về việc thu hồi hoàn thuế theo mẫu số 03/QĐ-THH ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này để thu hồi số tiền thuế đã hoàn cho người nộp thuế, xử phạt vi phạm, tính tiền chậm nộp (nếu có) theo quy định.

Điều 40. Thu hồi hoàn thuế

1. Trường hợp cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền qua thanh tra, kiểm tra phát hiện người nộp thuế đã được hoàn không đúng quy định thì người nộp thuế phải nộp số tiền đã được hoàn thừa và nộp tiền chậm nộp tương ứng theo quy định tại Điều 59 Luật Quản lý thuế và Điều 21 Thông tư này vào ngân sách nhà nước kể từ ngày được Kho bạc Nhà nước chi trả tiền hoàn hoặc ngày Kho bạc Nhà nước hạch toán bù trừ tiền hoàn thuế với khoản thu ngân sách nhà nước theo Quyết định về việc thu hồi hoàn thuế theo mẫu số 03/QĐ-THH ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này của cơ quan thuế, Quyết định hoặc Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

2. Người nộp thuế tự phát hiện đã được hoàn không đúng quy định thì phải thực hiện khai bổ sung theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế và Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP; đồng thời nộp số tiền đã được hoàn thừa và nộp tiền chậm nộp tương ứng theo quy định tại Điều 59 Luật Quản lý thuế và Điều 21 Thông tư này vào ngân sách nhà nước kể từ ngày được Kho bạc Nhà nước chi trả tiền hoàn hoặc ngày Kho bạc Nhà nước hạch toán bù trừ tiền hoàn thuế với khoản thu ngân sách nhà nước.

3. Trường hợp người nộp thuế đã được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu nhưng bị người bán trả lại hàng hóa đã xuất khẩu thì người nộp thuế phải thực hiện khai bổ sung theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế và Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP; đồng thời nộp số tiền đã được hoàn tương ứng với hàng xuất khẩu bị trả lại và nộp tiền chậm nộp tương ứng theo quy định tại Điều 59 Luật Quản lý thuế và Điều 21 Thông tư này vào ngân sách nhà nước kể từ ngày được Kho bạc Nhà nước chi trả tiền hoàn hoặc ngày Kho bạc Nhà nước hạch toán bù trừ tiền hoàn thuế với khoản thu ngân sách nhà nước.

4. Người nộp thuế được khai khấu trừ bổ sung số tiền đã được hoàn không đúng quy định nhưng vẫn đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ về thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng kể từ kỳ tính thuế tiếp theo kỳ phát hiện sai sót đối với trường hợp quy định tại khoản 2 Điều này hoặc khai vào hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế nhận được Quyết định về việc thu hồi hoàn thuế của cơ quan thuế hoặc Quyết định, Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với trường hợp quy định tại khoản 1 Điều này.

Mục 2. HOÀN NỘP THỪA
Điều 41. Trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn nộp thừa

1. Trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ hoàn nộp thừa:

a) Cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ hoàn nộp thừa (bao gồm cả trường hợp hoàn trả tiền nộp thừa theo quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp; hoàn trả tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa của người nộp thuế đã nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định tại điểm b, c khoản 3 Điều 13 Thông tư này; hoàn trả tiền nộp thừa khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động) trừ trường hợp quy định tại điểm b, c khoản này.

b) Cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ hoàn nộp thừa, nộp nhầm đối với khoản nộp thừa, nộp nhầm của người nộp thuế phát sinh trên địa bàn được giao quản lý thu.

c) Cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân của cá nhân trực tiếp quyết toán thuế có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ hoàn nộp thừa theo quyết toán thuế thu nhập cá nhân.

2. Trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn nộp thừa:

a) Cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn nộp thừa theo quy định tại khoản 1 Điều này có trách nhiệm thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn nộp thừa của người nộp thuế bao gồm: phân loại hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước hoặc thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số tiền được hoàn; ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có); ban hành Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước gửi Kho bạc Nhà nước để thực hiện hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định.

b) Trường hợp hồ sơ hoàn nộp thừa của người nộp thuế có khoản nộp thừa tại địa bàn nơi được hưởng khoản thu phân bổ, cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm phối hợp với cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ để giải quyết hồ sơ hoàn nộp thừa theo quy định tại điểm a khoản này cho người nộp thuế.

c) Trường hợp hồ sơ hoàn nộp thừa khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có khoản nộp thừa tại các địa bàn khác, cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm phối hợp với cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước hoặc cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ để giải quyết hồ sơ hoàn nộp thừa theo quy định tại điểm a khoản này cho người nộp thuế.

Điều 42. Hồ sơ hoàn nộp thừa

1. Hồ sơ hoàn thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công

a) Trường hợp tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thực hiện quyết toán cho các cá nhân có uỷ quyền

Hồ sơ gồm:

a.1) Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/DNXLNT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này;

 a.2) Văn bản ủy quyền theo quy định của pháp luật trong trường hợp người nộp thuế không trực tiếp thực hiện thủ tục hoàn thuế, trừ trường hợp đại lý thuế nộp hồ sơ hoàn thuế theo hợp đồng đã ký giữa đại lý thuế và người nộp thuế;

a.3) Bảng kê chứng từ nộp thuế theo mẫu số 02-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này (áp dụng cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập).

b) Trường hợp cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế, có số thuế nộp thừa và đề nghị hoàn trên tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân thì không phải nộp hồ sơ hoàn thuế.

Cơ quan thuế giải quyết hoàn căn cứ vào hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân để giải quyết hoàn nộp thừa cho người nộp thuế theo quy định.

2. Hồ sơ hoàn nộp thừa các loại thuế và các khoản thu khác gồm:

a) Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/DNXLNT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này;

b) Văn bản ủy quyền trong trường hợp người nộp thuế không trực tiếp thực hiện thủ tục hoàn thuế, trừ trường hợp đại lý thuế nộp hồ sơ hoàn thuế theo hợp đồng đã ký giữa đại lý thuế và người nộp thuế;

c) Các tài liệu kèm theo (nếu có).

3. Trường hợp hoàn nộp thừa khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động thuộc diện cơ quan thuế phải thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại điểm g khoản 1 Điều 110 Luật Quản lý thuế và Chương VIII Thông tư này, nếu trên Kết luận hoặc Quyết định xử lý và các tài liệu kiểm tra khác có số thuế nộp thừa thì người nộp thuế không phải nộp hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại khoản này. Cơ quan thuế căn cứ Kết luận hoặc Quyết định xử lý và các tài liệu kiểm tra khác để thực hiện thủ tục hoàn nộp thừa cho người nộp thuế theo quy định.

Điều 43. Tiếp nhận hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa

Việc tiếp nhận hồ sơ hoàn nộp thừa thực hiện theo quy định tại Điều 32 Thông tư này.

Điều 44. Phân loại hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa

1. Hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa quy định tại điểm b, c, d, đ khoản 1 Điều 33 Thông tư này thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.

2. Hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa của các trường hợp không thuộc quy định tại khoản 1 Điều này thuộc diện hoàn thuế trước.

Điều 45. Giải quyết hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa

1. Xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn

a) Nguyên tắc xử lý khi cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn khác số thuế người nộp thuế đề nghị hoàn thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 34 Thông tư này.

b) Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước

Cơ quan thuế căn cứ hồ sơ hoàn nộp thừa của người nộp thuế và thông tin nghĩa vụ thuế, số thuế đã nộp của người nộp thuế trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế để kiểm tra, xác định trường hợp được hoàn nộp thừa và số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả.

b.1) Trường hợp hồ sơ hoàn nộp thừa thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn, cơ quan thuế thực hiện đối chiếu số tiền thuế đề nghị hoàn tại hồ sơ hoàn thuế với hồ sơ khai thuế, thông tin về tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế để xác định số tiền thuế được hoàn, thời điểm phát sinh số thuế nộp thừa được hoàn theo đúng quy định của pháp luật thuế.

b.2) Trường hợp chưa đủ thông tin để xác định hồ sơ hoàn nộp thừa của người nộp thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuế lập Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP gửi người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Thông báo được gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo, người nộp thuế có trách nhiệm gửi văn bản giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế.

Hết thời hạn theo Thông báo của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế; hoặc có văn bản giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế chuyển hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước hoàn thuế và gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn thuế theo mẫu số 05/TB-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này cho người nộp thuế trong thời hạn 06 ngày làm việc kể từ ngày chấp nhận hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 32 Thông tư này. Khoảng thời gian kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo đề nghị giải trình, bổ sung đến ngày cơ quan thuế nhận được văn bản giải trình, bổ sung của người nộp thuế không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế của cơ quan thuế.

c) Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế

Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết hoàn trả số thuế đã đủ điều kiện hoàn cho người nộp thuế, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh hoặc yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì cơ quan thuế xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.

Trường hợp tại Biên bản kiểm tra trước hoàn thuế xác định người nộp thuế vừa có số tiền thuế đủ điều kiện hoàn, vừa có số tiền thuế tiền chậm nộp, tiền phạt bị truy thu thì cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý vi phạm pháp luật về thuế và bù trừ số tiền thuế được hoàn của người nộp thuế tại Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐ-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

d) Đối với hồ sơ hoàn nộp thừa của người nộp thuế có khoản nộp thừa tại tỉnh nơi được hưởng khoản thu phân bổ, cơ quan thuế quản lý trực tiếp chủ trì tổng hợp nghĩa vụ thuế, số thuế đã nộp ngân sách nhà nước tại trụ sở chính và các tỉnh nơi được hưởng khoản thu phân bổ. Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp và cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 3 Thông tư này phải thực hiện đối chiếu, xác nhận số tiền thuế đã nộp, số tiền thuế còn nợ phát sinh theo từng nơi được hưởng khoản thu phân bổ. Cơ quan thuế chịu trách nhiệm về tính đầy đủ, chính xác của dữ liệu trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế làm cơ sở để giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định.

đ) Đối với hồ sơ hoàn thuế thu nhập của cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế, cơ quan thuế giải quyết hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân thực hiện tổng hợp số phải nộp, đã nộp của người nộp thuế trong kỳ quyết toán thuế phát sinh tại các cơ quan thuế trên toàn quốc để xác định số tiền nộp thừa theo quyết toán thuế.

e) Đối với hồ sơ hoàn thuế khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa tại cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước hoặc cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 3 Thông tư này thì trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp và cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước, cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ phải thực hiện đối chiếu, xác nhận số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ theo từng địa bàn. Các cơ quan thuế chịu trách nhiệm về tính đầy đủ, chính xác của dữ liệu trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế làm cơ sở để giải quyết hoàn nộp thừa cho người nộp thuế theo quy định.

g) Trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định tại điểm b, c khoản 3 Điều 13 Thông tư này hoặc thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại điểm b khoản 3 Điều 17 Thông tư này sau khi bù trừ với nghĩa vụ của trụ sở chính mà có số nộp thừa thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế.

2. Xác định số tiền thuế, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số tiền nộp thừa được hoàn thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 34 Thông tư này.

Điều 46. Quyết định hoàn thuế

1. Cơ quan thuế tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế xác định số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế không được hoàn, số tiền thuế nợ phải bù trừ, số thuế đề nghị nộp thay vào ngân sách nhà nước cho người nộp thuế khác, số tiền thuế còn được hoàn trả cho người nộp thuế, thực hiện lập đề xuất hoàn thuế và dự thảo Quyết định hoàn thuế, hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả theo mẫu số 01/PL-HTNT (nếu có), Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp được bù trừ theo mẫu số 01/PL-BT (nếu có) hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có).

2. Cơ quan thuế phải cập nhật đầy đủ vào hệ thống ứng dụng quản lý thuế thông tin hồ sơ hoàn thuế, bao gồm: hồ sơ khai thuế, hồ sơ đề nghị hoàn, Biên bản kiểm tra hoàn thuế (nếu có), Quyết định về việc xử lý thuế qua thanh tra, kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế (nếu có), dự thảo Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả (nếu có), Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp được bù trừ (nếu có) hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có).

3. Căn cứ vào số thuế người nộp thuế được hoàn, số thuế còn nợ, Thủ trưởng cơ quan thuế thực hiện theo một trong hai trường hợp sau:

a) Ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT, Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả theo mẫu số 01/PL-HTNT (nếu có) ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này trong trường hợp người nộp thuế không còn tiền thuế nợ.

b) Ban hành Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT, Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả (nếu có), Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp được bù trừ (nếu có) ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này trong trường hợp người nộp thuế còn tiền thuế nợ hoặc người nộp thuế đề nghị bù trừ số thuế được hoàn trả với khoản nợ, khoản thu phát sinh của người nộp thuế khác.

4. Cơ quan thuế ban hành Quyết định cập nhật, hạch toán đầy đủ Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước vào hệ thống ứng dụng quản lý thuế ngay trong ngày ban hành Quyết định. Trường hợp người nộp thuế phát sinh khoản được hoàn bằng ngoại tệ thì cơ quan thuế quy đổi số tiền thuế được hoàn ra Đồng Việt Nam theo tỷ giá bán ra đầu ngày của Ngân hàng thương mại cổ phần Ngoại thương Việt Nam tại thời điểm ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước.

Điều 47. Ban hành Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước

1. Căn cứ Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, cơ quan thuế lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định về thực hiện Chế độ Kế toán ngân sách nhà nước và hoạt động nghiệp vụ Kho bạc Nhà nước.

Ngay sau khi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước được ban hành, cơ quan thuế gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước cho Kho bạc Nhà nước bằng phương thức điện tử; đối với các trường hợp không thực hiện được việc truyền nhận thông tin hoàn trả theo hình thức điện tử thì cơ quan thuế thực hiện gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước bằng giấy cho Kho bạc Nhà nước để thực hiện hoàn thuế cho người nộp thuế.

Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn thuế cho người nộp thuế theo thời hạn quy định về thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước.

2. Trường hợp hoàn thuế đối với các khoản thu phân bổ (trừ quy định tại khoản 5 Điều này), cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính xác định số tiền phải hoàn trả cho từng tỉnh nơi đã thu ngân sách nhà nước, số tiền phải bù trừ cho từng tỉnh nơi được hưởng nguồn thu và lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước gửi Kho bạc Nhà nước.

Kho bạc Nhà nước thực hiện thanh toán cho người nộp thuế theo Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước của cơ quan thuế và hạch toán hoàn trả phần thu ngân sách nhà nước thuộc trách nhiệm của địa phương mình, đồng thời chuyển chứng từ cho các Kho bạc Nhà nước nơi đã thu ngân sách nhà nước để hạch toán hoàn trả, và nơi được hưởng nguồn thu được bù trừ để hạch toán thu ngân sách nhà nước.

3. Trường hợp hoàn nộp thừa khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số tiền được hoàn trả tại cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước hoặc cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp xác định số tiền phải hoàn trả cho từng tỉnh nơi đã thu ngân sách nhà nước và số tiền phải bù trừ cho từng tỉnh nơi được hưởng nguồn thu. Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả phần thuộc trách nhiệm của địa phương mình và chuyển chứng từ cho các Kho bạc Nhà nước nơi đã thu ngân sách nhà nước để hạch toán hoàn trả và nơi được hưởng nguồn thu được bù trừ để hạch toán thu ngân sách nhà nước.

4. Trường hợp hồ sơ hoàn thuế thu nhập cá nhân của cá nhân trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế thì cơ quan thuế giải quyết hồ sơ lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước gửi Kho bạc Nhà nước để thực hiện hạch toán hoàn trả và chuyển chứng từ cho các Kho bạc Nhà nước nơi có khoản thu ngân sách nhà nước được bù trừ để hạch toán thu ngân sách nhà nước.

5. Trường hợp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng, thu nhập doanh nghiệp nộp thừa của người nộp thuế theo quy định tại điểm g khoản 1 Điều 45 Thông tư này thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước gửi Kho bạc Nhà nước để thực hiện hạch toán hoàn trả và chuyển chứng từ cho các Kho bạc Nhà nước nơi có khoản thu ngân sách nhà nước được bù trừ để hạch toán thu ngân sách nhà nước.

Điều 48. Trả kết quả giải quyết hoàn thuế

1. Cơ quan thuế gửi Thông báo về việc không được hoàn thuế (đối với số thuế không được hoàn trả), Quyết định hoàn thuế, Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả theo mẫu số 01/PL-HTNT (nếu có) hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/PL-HNTKBT (nếu có) cho người nộp thuế, cơ quan, tổ chức có liên quan qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế ngay trong ngày kể từ ngày ban hành quyết định, thông báo.

Trường hợp người nộp thuế chưa có tài khoản giao dịch điện tử với cơ quan thuế, cơ quan thuế gửi kết quả giải quyết hoàn thuế qua bộ phận một cửa của cơ quan thuế đối với hồ sơ hoàn tiếp nhận trực tiếp hoặc hồ sơ hoàn tiếp nhận qua đường bưu chính.

2. Trường hợp người nộp thuế nộp có khoản được hoàn trả, khoản được bù trừ thu ngân sách nhà nước tại nhiều địa bàn thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp gửi Quyết định hoàn thuế, Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả (nếu có) hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, Phụ lục số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước (nếu có) cho cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước, cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ để theo dõi nghĩa vụ của người nộp thuế và hạch toán thu ngân sách nhà nước.

3. Trường hợp hoàn nộp thừa khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có khoản được hoàn trả tại cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước, cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp gửi Thông báo không được hoàn thuế đối với số thuế không được hoàn trả, Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước cho cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước, cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ.

Điều 49. Thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế đối với người nộp thuế

Việc thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế đối với người nộp thuế thực hiện theo quy định tại Điều 39 Thông tư này.

Điều 50. Thu hồi hoàn thuế

Người nộp thuế phát hiện hoặc cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền qua thanh tra, kiểm tra phát hiện người nộp thuế được hoàn trả khoản nộp thừa không đúng quy định thì thực hiện theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 40 Thông tư này.