Các trường hợp kiểm tra thuế mới nhất năm 2025
Các trường hợp kiểm tra thuế mới nhất năm 2025

1. Các trường hợp kiểm tra thuế

1.1. Các trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở của cơ quan quản lý thuế

Căn cứ Khoản 1 Điều 109 Luật Quản lý thuế 2019 quy định kiểm tra thuế tại trụ sở của cơ quan quản lý thuế do cơ quan quản lý thuế thực hiện đối với các hồ sơ thuế được quy định như sau:

  • Kiểm tra thuế tại trụ sở của cơ quan thuế được thực hiện trên cơ sở hồ sơ thuế của người nộp thuế nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế, sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế. Công chức thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế căn cứ vào mức độ rủi ro về thuế của hồ sơ thuế được phân loại từ cơ sở dữ liệu công nghệ thông tin hoặc theo phân công của thủ trưởng cơ quan thuế thực hiện phân tích hồ sơ thuế theo mức độ rủi ro về thuế để đề xuất kế hoạch kiểm tra tại trụ sở của cơ quan thuế hoặc xử lý theo quy định;
  • Kiểm tra thuế tại trụ sở của cơ quan hải quan được thực hiện nhằm kiểm tra, đối chiếu, so sánh nội dung trong hồ sơ thuế với thông tin, tài liệu có liên quan, quy định của pháp luật về thuế, kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa trong trường hợp cần thiết đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Trường hợp kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của cơ quan hải quan thì thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan.

1.2. Các trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế

Căn cứ Khoản 1 Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019 quy định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế được thực hiện trong các trường hợp sau đây:

  • Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước;
  • Trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều 109 Luật Quản lý thuế 2019;
  • Trường hợp kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của người khai hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan;
  • Trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật;
  • Trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề;
  • Trường hợp theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước, Thanh tra nhà nước, cơ quan khác có thẩm quyền;
  • Trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền, trừ trường hợp giải thể, chấm dứt hoạt động mà cơ quan thuế không phải thực hiện quyết toán thuế theo quy định của pháp luật.

2. Thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế năm 2025

Trình tự, thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được quy định như sau:

  • Công bố quyết định kiểm tra thuế khi bắt đầu tiến hành kiểm tra thuế;
  • Đối chiếu nội dung khai báo với sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, kết quả phân tích rủi ro về thuế, dữ liệu thông tin kiểm tra tại trụ sở của cơ quan thuế các tài liệu có liên quan, tình trạng thực tế trong phạm vi, nội dung của quyết định kiểm tra thuế;
  • Thời hạn kiểm tra được xác định trong quyết định kiểm tra nhưng không quá 10 ngày làm việc tại trụ sở của người nộp thuế.
  • Thời hạn kiểm tra được tính từ ngày công bố quyết định kiểm tra; trường hợp phạm vi kiểm tra lớn, nội dung phức tạp thì người đã quyết định kiểm tra có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 10 ngày làm việc tại trụ sở của người nộp thuế;
  • Lập biên bản kiểm tra thuế trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày hết thời hạn kiểm tra;
  • Xử lý theo thẩm quyền hoặc đề nghị cấp có thẩm quyền xử lý theo kết quả kiểm tra.

Lưu ý: Trường hợp kiểm tra sau thông quan thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan.

(Khoản 4 Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019)

3. Quyền và nghĩa vụ của người nộp thuế trong kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế năm 2025

Quyền và nghĩa vụ của người nộp thuế trong kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế được quy định tại Điều 111 Luật Quản lý thuế 2019 như sau:

Người nộp thuế có các quyền sau đây:

  • Từ chối việc kiểm tra khi không có quyết định kiểm tra thuế;
  • Từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra thuế; thông tin, tài liệu thuộc bí mật nhà nước, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác;
  • Nhận biên bản kiểm tra thuế và yêu cầu giải thích nội dung biên bản kiểm tra thuế;
  • Bảo lưu ý kiến trong biên bản kiểm tra thuế;
  • Khiếu nại, khởi kiện và yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật;
  • Tố cáo hành vi vi phạm pháp luật trong quá trình kiểm tra thuế.

Người nộp thuế có các nghĩa vụ sau đây:

  • Chấp hành quyết định kiểm tra thuế của cơ quan quản lý thuế;
  • Cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác các thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra theo yêu cầu của đoàn kiểm tra thuế; chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của thông tin, tài liệu đã cung cấp;
  • Ký biên bản kiểm tra thuế trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra;
  • Chấp hành kiến nghị tại biên bản kiểm tra thuế, kết luận, quyết định xử lý kết quả kiểm tra thuế.

4. Các câu hỏi thường gặp

4.1. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì cho kiểm tra thuế

4.1.1. Hồ sơ pháp lý cần chuẩn bị

Kế toán tiến hành rà soát, kiểm tra lại các hồ sơ pháp lý của công ty và các công văn đi, đến liên quan đến pháp lý, thuế

4.1.2. Sắp xếp chứng từ gốc

Kế toán sắp xếp chứng từ gốc hàng tháng theo thứ tự trong Bảng kê thuế đầu vào, đầu ra đã nộp hàng tháng, hàng quý. Mỗi bộ chứng từ phải đầy đủ các giấy tờ chứng minh nghiệp vụ kế toán phát sinh (hóa đơn, hợp đồng, biên bản nghiệm thu thanh lý, phiếu xuất nhập kho,…). Tất cả chứng từ phải có đầy đủ chữ ký của những người có liên quan.

Lưu ý: Kế toán nên kiểm soát hồ sơ, chứng từ chặt chẽ, đảm bảo đầy đủ và đúng quy định mới thực hiện thanh toán, hạch toán.

4.1.3. Kiểm tra lại hạch toán nghiệp vụ kế toán trên phần mềm

Trên cơ sở kiểm tra các loại hóa đơn, chứng từ gốc, kế toán đồng thời kiểm tra lại việc hạch toán các nghiệp vụ kinh tế phát sinh trên phần mềm và tiến hành đối chiếu với các hóa đơn trên Cổng thông tin điện tử Hóa đơn điện tử.

4.1.4. Sắp xếp các báo cáo đã nộp cho cơ quan thuế

Kế toán tiến hành sắp xếp các loại báo cáo đã nộp theo năm. Hồ sơ phục vụ thanh tra thuế chủ yếu gồm các loại báo cáo sau:

  • Tờ kê khai thuế GTGT hàng tháng;
  • Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn;
  • Báo cáo thuế TNDN tạm tính hàng quý;
  • Báo cáo tài chính;
  • Quyết toán thuế TNDN, TNCN, hoàn thuế,… theo từng năm.
  • Với các loại sổ sách, kế toán những sắp xếp theo năm và in đầy đủ các loại sổ sách theo quy định.

4.1.5. Sắp xếp các loại hợp đồng

  • Kế toán tiến hành sắp xếp hợp đồng kinh tế đầu vào, đầu ra riêng theo thứ tự thời gian phát sinh.
  • Kiểm tra các biên bản, giấy tờ của từng hợp đồng nếu có như biên bản nghiệm thu, thanh lý hợp đồng, các loại biên bản bàn giao,…
  • Ngoài ra, các loại hợp đồng khác phải chuẩn bị như hợp đồng lao động (bao gồm phụ lục đi kèm), hợp đồng giao khoán công việc, các quyết định bổ nhiệm, điều chuyển công tác hoặc tăng lương. Chú ý sắp xếp và chuẩn bị cả hồ sơ nhân sự đi kèm theo các hợp đồng lao động đã ký.
  • Các loại hợp đồng thuê ngoài như thuê máy móc thiết bị, vận chuyển,…

4.1.6. Kiểm tra sổ phụ ngân hàng

Kế toán kiểm tra xem đã chuẩn bị các sổ phụ ngân hàng hàng năm hay chưa.

4.1.7. Các loại kiểm tra khác

Ngoài các loại hồ sơ, chứng từ và hợp đồng trên, kế toán phải tiến hành kiểm tra các loại hồ sơ sở:

  • Kiểm tra và đối chiếu giữa sổ chi tiết với sổ cái tài khoản;
  • Kiểm tra đối chiếu các nghiệp vụ kinh tế phát sinh so với sổ định khoản như hóa đơn đầu ra, hóa đơn đầu vào và sổ kế toán;
  • Kiểm tra đối chiếu công nợ khách hàng đã có đầy đủ các đối chiếu hết công nợ với khách hàng;
  • Kiểm tra các khoản chi phí phải trả;
  • Kiểm tra dữ liệu nhập và khai báo thuế giữa hóa đơn đầu vào, hóa đơn đầu ra với bảng kê khai thuế;
  • Kiểm tra đầu vào và đầu ra đã trùng khớp/không chênh lệch;
  • Kiểm tra chữ ký trên các hóa đơn, chứng từ đầy đủ.

4.2. Hạch toán sau kiểm tra thuế là gì?

Hạch toán sau kiểm tra thuế là quy trình ghi chép các khoản thuế được truy thu và phạt sau khi cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra và tìm ra các lỗi trong việc nộp thuế của doanh nghiệp.

Sau khi thanh tra, kiểm tra thuế, doanh nghiệp có thể phải truy thu thuế hoặc nộp phạt. Kế toán cần xử lý các khoản phạt và truy thu này và cũng cần điều chỉnh sổ sách kế toán cho các khoản bị phạt, truy thu