1. Các Bộ: Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công Thương chịu trách nhiệm thanh tra về an toàn thực phẩm trong suốt quá trình sản xuất, chế biến, bảo quản, vận chuyển, xuất khẩu, nhập khẩu, kinh doanh thực phẩm thuộc lĩnh vực được phân công quản lý theo quy định tại các Điều 62, 63, 64, 65, 67 Luật an toàn thực phẩm.
2. Bộ Y tế, cơ quan thường trực Ban chỉ đạo liên ngành trung ương về vệ sinh an toàn thực phẩm, chủ trì, phối hợp với các bộ quản lý ngành, các lực lượng liên quan khác tổ chức và phân công thực hiện thanh tra liên ngành.
3. Bộ Y tế thanh tra, kiểm tra đột xuất đối với toàn bộ quá trình sản xuất, xuất khẩu, nhập khẩu, kinh doanh thực phẩm thuộc phạm vi quản lý của các bộ khác trong những trường hợp sau:
a) Theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ hoặc Trưởng Ban Chỉ đạo liên ngành trung ương về vệ sinh an toàn thực phẩm;
b) Phát hiện thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm, dụng cụ, vật liệu bao gói, chứa đựng thực phẩm vi phạm có nguy cơ gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến sức khỏe người tiêu dùng;
c) Khi có sự khác biệt trong kết luận thanh tra của các bộ quản lý ngành, lĩnh vực;
d) Theo đề nghị của bộ quản lý ngành, lĩnh vực.