1. Mỗi tháng, Hải quan thực hiện thanh khoản tờ khai hải quan đối với hàng hoá đã bán trong tháng một lần vào tuần đầu tiên của tháng tiếp theo. Khi Hải quan kiểm tra, thanh khoản thương nhân phải xuất trình hồ sơ nêu tại Điều 17 Thông tư này và sổ sách, chứng từ quản lý theo dõi hoạt động kinh doanh liên quan của thương nhân (khi Hải quan yêu cầu).
2. Trong vòng 10 ngày kể từ ngày bán hết hàng hoặc hết thời hạn lưu giữ hàng hóa, thương nhân có trách nhiệm nộp cho Hải quan hồ sơ thanh khoản quy định tại Điều 17 Thông tư này.
3. Trong quá trình thanh khoản, nếu xét thấy cần thiết thì Hải quan thực hiện kiểm tra lượng hàng tồn tại kho chứa hàng và tại cửa hàng miễn thuế. Định kỳ hàng năm Hải quan thực hiện kiểm tra hàng tồn kho, tồn cửa hàng.
4. Sau khi thanh khoản tờ khai hải quan, thương nhân phải lưu giữ hồ sơ bán hàng theo chế độ kế toán quy định.
5. Thanh khoản đối với hàng hóa đổ vỡ, hư hỏng, mất phẩm chất, kém chất lượng:
5.1 Đối với hàng hóa đổ vỡ trong quá trình vận chuyển, bảo quản, hư hỏng, mất phẩm chất, kém chất lượng thì thương nhân phải nộp văn bản giải trình gửi Hải quan, nội dung giải trình nêu rõ lý do và tên mặt hàng, mã số hàng, số lượng, trị giá. Hải quan trên cơ sở nội dung giải trình và thực tế hàng hóa có trách nhiệm xác nhận đối với hàng hóa nêu trên.
5.2 Thương nhân chịu trách nhiệm tổ chức huỷ bỏ theo quy định về huỷ bỏ phế liệu dưới sự giám sát của Hải quan; báo cáo Tổng cục Hải quan về kết quả huỷ bỏ hàng hóa.
5.3. Chính sách thuế đối với hàng hóa đã hủy bỏ thực hiện theo quy định của Luật thuế hiện hành.