1. Cơ quan Hải quan quản lý kinh doanh bán hàng miễn thuế là Chi cục Hải quan (dưới đây gọi tắt là Hải quan) do Cục Hải quan tỉnh, thành phố quyết định theo thẩm quyền quy định để giao nhiệm vụ thực hiện quản lý.
2. Hải quan quản lý kinh doanh bán hàng miễn thuế có trách nhiệm:
a) Thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu để kinh doanh bán hàng miễn thuế.
b) Thực hiện thanh khoản tờ khai hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu theo chế độ hàng tạm nhập, hàng tạm xuất.
c) Căn cứ tờ khai hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu, sổ quản lý theo dõi, báo cáo bán hàng, chứng từ nhập kho, chứng từ xuất kho, chứng từ nhập hàng vào cửa hàng miễn thuế và thực tế hàng hóa tại cửa hàng, kho hàng để thực hiện kiểm tra việc nhập hàng vào kho, xuất hàng ra kho, nhập hàng vào cửa hàng, hàng tồn kho, hàng tồn cửa hàng.
d) Định kỳ hàng tháng, Hải quan thực hiện kiểm tra chứng từ bán hàng của cửa hàng để theo dõi (trừ lùi) và thanh khoản những tờ khai hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu đã bán hoặc tái xuất hết số lượng hàng hóa đã nhập khẩu trên tờ khai vào tuần đầu tiên của tháng tiếp theo.
đ) Hải quan quản lý theo dõi mặt hàng nhập khẩu, xuất khẩu để bán tại cửa hàng miễn thuế bằng hình thức mở sổ theo dõi hoặc bằng hình thức theo dõi trên máy tính nối mạng giữa Hải quan với thương nhân..
e) Phối hợp với thương nhân triển khai hệ thống mạng máy tính để tiếp nhận dữ liệu từ thương nhân theo quy định tại điểm a, b, khoản 2, Điều 4 Thông tư này.
g) Quá trình quản lý, theo dõi và thanh khoản tờ khai hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu nếu phát hiện thương nhân có hành vi vi phạm thì tuỳ theo tính chất mức độ vi phạm để xử lý theo quy định của pháp luật.