1. Nghị định này có hiệu lực thi hành sau 15 ngày, kể từ ngày đăng Công báo.
2. Bãi bỏ các Nghị định số 16/CP ngày 20 tháng 3 năm 1996, số 54/1998/NĐ-CP ngày 21 tháng 7 năm 1998, số 58/2000/NĐ-CP ngày 24 tháng 10 năm 2000 của Chính phủ quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.
3. Trường hợp Điều ước quốc tế mà Việt Nam ký kết hoặc gia nhập có quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan khác với quy định của Nghị định này thì thực hiện theo quy định của Điều ước quốc tế.
4. Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành liên quan hướng dẫn thi hành Nghị định này.
5. Các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương chịu trách nhiệm thi hành Nghị định này.