Luật này có hiệu lực thi hành từ năm ngân sách 2004. Luật này thay thế Luật ngân sách nhà nước năm 1996 và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật ngân sách nhà nước năm 1998. Những quy định trước đây trái với Luật này đều bãi bỏ.
Việc thu, chi, quyết toán ngân sách nhà nước và những vấn đề phát sinh từ việc thực hiện ngân sách nhà nước trước khi Luật này có hiệu lực thi hành được áp dụng theo pháp luật hiện hành.