Luật thuế giá trị gia tăng có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 1999.
Bãi bỏ Luật thuế doanh thu, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế doanh thu và các quy định về thuế doanh thu trong các văn bản quy phạm pháp luật khác, kể từ ngày Luật thuế giá trị gia tăng có hiệu lực thi hành.
Việc giải quyết những tồn tại về thuế, quyết toán thuế, miễn giảm thuế và xử lý các vi phạm về thuế doanh thu trước ngày 01 tháng 01 năm 1999 được thực hiện theo các quy định tương ứng của Luật thuế doanh thu, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế doanh thu và các quy định về thuế doanh thu trong các văn bản quy phạm pháp luật khác.
Đối với những cơ sở sản xuất, xây dựng, vận tải trong những năm đầu áp dụng thuế giá trị gia tăng mà bị lỗ do số thuế giá trị gia tăng phải nộp lớn hơn số thuế tính theo mức thuế doanh thu trước đây thì được xét giảm thuế giá trị gia tăng phải nộp. Mức được xét giảm thuế giá trị gia tăng tương ứng với số lỗ được xác định do nguyên nhân này nhưng tối đa không quá 50% số thuế phải nộp. Thời gian giảm thuế được xét từng năm và tính theo năm dương lịch nhưng tối đa không quá 03 năm, kể từ ngày Luật thuế giá trị gia tăng có hiệu lực thi hành.
Chính phủ quy định cụ thể việc xét giảm thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Điều này.