Thông tư này quy định chi tiết một số điều của Nghị định số 109/2018/NĐ-CP ngày 29/8/2018 của Chính phủ về nông nghiệp hữu cơ (sau đây gọi là Nghị định số 109/2018/NĐ-CP) gồm các nội dung sau:
1. Cơ quan tiếp nhận hồ sơ, cấp số đăng ký của Tổ chức chứng nhận sản phẩm nông nghiệp hữu cơ.
2. Đánh giá để cấp và giám sát sau khi cấp Giấy chứng nhận sản phẩm phù hợp tiêu chuẩn quốc gia (TCVN) về nông nghiệp hữu cơ của Tổ chức chứng nhận.
3. Quy định về lấy mẫu và thử nghiệm mẫu sản phẩm nông nghiệp hữu cơ.
4. Kiểm tra chất lượng, thu hồi và xử lý sản phẩm nông nghiệp hữu cơ không đảm bảo chất lượng thuộc lĩnh vực quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.