1. Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Tài nguyên và Môi trường và các Bộ, ngành liên quan xây dựng và trình cấp có thẩm quyền ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền về chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng lệ phí cấp giấy phép thăm dò nước dưới đất; lệ phí cấp giấy phép khai thác, sử dụng nước dưới đất; lệ phí cấp giấy phép khai thác, sử dụng nước mặt; lệ phí cấp giấy phép xả nước thải vào nguồn nước.
2. Bộ Khoa học và Công nghệ quy định và hướng dẫn áp dụng các tiêu chuẩn nước thải xả vào nguồn nước, phối hợp với Bộ Tài nguyên và Môi rường và các Bộ, ngành, địa phương kiểm tra việc thực hiện các tiêu chuẩn đó.
3. Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định mẫu giấy phép thăm dò, khai thác sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước và chịu trách nhiệm chỉ đạo, hướng dẫn thi hành Nghị định này.