Thuế tài nguyên được miễn, giảm trong các trường hợp sau đây:
1. Tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên gặp thiên tai, địch hoạ, tai nạn bất ngờ, gây tổn thất đến tài nguyên đã kê khai và nộp thuế được xét miễn thuế tài nguyên phải nộp cho số tài nguyên bị tổn thất. Trường hợp đã nộp thuế tài nguyên thì được hoàn trả lại số thuế đã nộp hoặc bù trừ vào số thuế tài nguyên phải nộp của kỳ sau.
2. Tổ chức, cá nhân hoạt động khai thác thủy sản ở vùng biển xa bờ bằng phương tiện có công suất lớn được miễn thuế tài nguyên trong 5 năm kể từ khi được cấp Giấy phép khai thác và giảm 50% thuế tài nguyên trong 5 năm tiếp theo. Sau thời gian miễn, giảm thuế trên đây, nếu tổ chức, cá nhân khai thác thủy sản ở vùng biển xa bờ còn bị lỗ thì sẽ tiếp tục được xét giảm thuế tài nguyên tương ứng với số lỗ của từng năm trong thời gian không quá 5 năm liên tục tiếp theo.
3. Miễn thuế tài nguyên đối với sản phẩm rừng tự nhiên do cá nhân được phép khai thác phục vụ cho đời sống sinh hoạt hàng ngày như: gỗ, cành, củi, tre, nứa, mai, giang, tranh, vầu, lồ ô.
4. Miễn thuế tài nguyên đối với nước thiên nhiên dùng vào sản xuất thủy điện không hòa vào mạng lưới điện quốc gia.
5. Tổ chức, cá nhân khai thác đất sử dụng vào các mục đích sau được miễn thuế tài nguyên:
a. San lấp, xây dựng các công trình phục vụ an ninh, quốc phòng;
b. San lấp, xây dựng các công trình đê điều, thủy lợi, phục vụ nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp;
c. San lấp, xây dựng các công trình mang ý nghĩa nhân đạo, từ thiện hoặc dành ưu đãi đối với người có công với cách mạng; đất tự khai thác và sử dụng tại chỗ trên diện tích đất được giao, được thuê;
d. San lấp, xây dựng các công trình cơ sở hạ tầng ở miền núi (trong địa bàn cấp huyện là huyện miền núi) phục vụ cho việc phát triển đời sống kinh tế xã hội trong vùng;
đ. San lấp, xây dựng các công trình trọng điểm quốc gia theo quyết định của Chính phủ cho từng trường hợp cụ thể.
Việc miễn thuế tài nguyên tại khoản 5 Điều này chỉ áp dụng với các đơn vị khai thác không nhằm mục đích kinh doanh.