1. Cơ quan thuế khi nhận được khiếu nại về thuế phải xem xét, giải quyết trong thời hạn theo quy định của pháp luật về khiếu nại, tố cáo.
2. Cơ quan thuế nhận khiếu nại có quyền yêu cầu người khiếu nại cung cấp hồ sơ, tài liệu liên quan đến việc khiếu nại; nếu người khiếu nại từ chối cung cấp hồ sơ, tài liệu thì có quyền từ chối xem xét giải quyết khiếu nại.
3. Cơ quan thuế phải hoàn trả số tiền thuế, số tiền phạt thu không đúng cho cơ sở kinh doanh trong thời hạn mười lăm ngày, kể từ ngày nhận được quyết định xử lý của cơ quan thuế cấp trên hoặc cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.
4. Trong trường hợp phát hiện và kết luận có sự khai man thuế, trốn thuế hoặc nhầm lẫn về thuế, cơ quan thuế có trách nhiệm truy thu tiền thuế, tiền phạt hoặc hoàn trả tiền thuế trong thời hạn năm năm trở về trước, kể từ ngày kiểm tra phát hiện có sự khai man thuế, trốn thuế hoặc nhầm lẫn về thuế; trường hợp cơ sở kinh doanh không đăng ký thuế, kê khai thuế, nộp thuế thì thời hạn truy thu tiền thuế, tiền phạt được tính từ ngày cơ sở kinh doanh bắt đầu hoạt động.
5. Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên có trách nhiệm giải quyết các khiếu nại về thuế của đối tượng nộp thuế đối với cơ quan thuế cấp dưới. Quyết định giải quyết khiếu nại về thuế của Bộ trưởng Bộ Tài chính là quyết định cuối cùng.