1. Phối hợp với các cơ quan chức năng thuộc Bộ Quốc phòng tham mưu cho Bộ Quốc phòng về việc quy định tiêu chuẩn sức khỏe công dân nhập ngũ cho từng khu vực, các quân chủng, binh chủng và chỉ đạo, hướng dẫn quân y các đơn vị triển khai thực hiện.
2. Hàng năm, căn cứ vào yêu cầu xây dựng Quân đội, phối hợp với các cơ quan chức năng làm tham mưu cho Bộ Quốc phòng ban hành tiêu chuẩn sức khỏe trong tuyển sinh quân sự và chỉ đạo, hướng dẫn quân y các đơn vị thực hiện.
3. Chỉ đạo quân y các đơn vị nhận quân nắm chắc hồ sơ sức khỏe công dân được gọi nhập ngũ và tổ chức khám phúc tra sức khỏe chiến sĩ mới theo quy định.
4. Chỉ đạo, tổ chức kiểm tra công tác khám sức khỏe thực hiện nghĩa vụ quân sự và giao, nhận quân ở các địa bàn trọng điểm.
5. Báo cáo kết quả công tác khám sức khỏe thực hiện nghĩa vụ quân sự, tuyển sinh quân sự theo quy định.