1- Các dự án đã nộp hồ sơ trình duyệt quyết toán về cơ quan thẩm tra và các dự án đã được thẩm tra, phê duyệt quyết toán trước ngày 31/12/2006 không phải thực hiện kiểm toán theo quy định tại Điểm 1, Mục V, Phần II của Thông tư này.
2- Đối với các dự án nhóm A sử dụng vốn ngân sách nhà nước do Thủ tướng Chính phủ quyết định đầu tư trước ngày có hiệu lực thi hành của Nghị định số 07/2003/NĐ-CP ngày 30/01/2003 về sửa đổi, bổ sung một số điều của Quy chế quản lý đầu tư và xây dựng ban hành theo Nghị định số 52/1999/NĐ-CP ngày 08/7/1999 và Nghị định số12/2000/NĐ-CP ngày 05/5/2000 của Chính phủ chưa trình duyệt quyết toán hoặc đã trình nhưng chưa phê duyệt quyết toán hoặc mới phê duyệt quyết toán một số hạng mục thì thẩm quyền phê duyệt quyết toán được thực hiện tiếp theo quy định tại Điểm 1-2, Mục IV, Phần II của Thông tư này.
3- Đối với các dự án nhóm A không sử dụng vốn ngân sách nhà nước hoặc vốn ngân sách nhà nước chỉ hỗ trợ một phần do Thủ tướng Chính phủ quyết định đầu tư trước ngày có hiệu lực thi hành của Nghị định số 07/2003/NĐ-CP ngày 30/01/2003 về sửa đổi, bổ sung một số điều của Quy chế quản lý đầu tư và xây dựng ban hành theo Nghị định số 52/1999/NĐ-CP ngày 08/7/1999 và Nghị định số 12/2000/NĐ-CP ngày 05/5/2000 của Chính phủ chưa trình duyệt quyết toán hoặc đã trình nhưng chưa phê duyệt quyết toán hoặc mới phê duyệt quyết toán một số hạng mục thì thẩm quyền phê duyệt quyết toán hiện nay thuộc các Tổng Công ty nhà nước, Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên.
4- Thông tư này có hiệu lực sau 15 ngày kể từ ngày đăng Công báo và thay thế Thông tư số 45/2003/TT-BTC ngày 15/5/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn quyết toán vốn đầu tư.
Nhà nước khuyến khích việc lập, thẩm tra, phê duyệt quyết toán vốn đầu tư theo quy định của Thông tư này đối với các dự án không thuộc phạm vi điều chỉnh của Thông tư này./.