1. Lãnh đạo gồm: Giám đốc và không quá 02 (hai) Phó Giám đốc.
a) Giám đốc Ban Quản lý là người đứng đầu Ban Quản lý, phụ trách, điều hành chung hoạt động của Ban Quản lý, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Du lịch và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động và kết quả công tác của Trung tâm.
b) Phó Giám đốc Ban Quản lý giúp Giám đốc thực hiện một hoặc một số nhiệm vụ cụ thể do Giám đốc phân công và chịu trách nhiệm trước Giám đốc và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc vắng mặt, Phó Giám đốc được Giám đốc ủy nhiệm thay mặt Giám đốc điều hành các hoạt động của Ban Quản lý.
c) Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, luân chuyển, điều động, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện các chế độ chính sách đối với Giám đốc và Phó Giám đốc theo quy định hiện hành và phân cấp quản lý cán bộ của tỉnh.
2. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ gồm:
a) Phòng Tổ chức - Hành chính.
b) Phòng Hợp tác - Đối ngoại.
c) Phòng Nghiệp vụ - Nghiên cứu.
d) Phòng Quản lý Môi trường và Cảnh quan.