1. Việc phân bổ vốn đầu tư phát triển và kinh phí sự nghiệp từ nguồn ngân sách nhà nước thuộc Chương trình phải tuân thủ các quy định của pháp luật về đầu tư công, ngân sách nhà nước và các quy định liên quan.
2. Bảo đảm công khai, minh bạch, quản lý tập trung, thống nhất về mục tiêu, cơ chế, chính sách; thực hiện phân cấp trong quản lý đầu tư theo quy định của pháp luật, tạo quyền chủ động cho các bộ, ngành trung ương và chính quyền địa phương.
3. Việc phân bổ vốn đầu tư phát triển và kinh phí sự nghiệp từ nguồn ngân sách nhà nước thuộc Chương trình nhằm thực hiện các mục tiêu, nhiệm vụ của Chương trình; đầu tư có trọng tâm, trọng điểm và bền vững, trọng tâm là các huyện nghèo, xã đặc biệt khó khăn vùng bãi ngang, ven biển và hải đảo.
4. Việc phân bổ cụ thể ngân sách trung ương và tỷ lệ đối ứng của ngân sách địa phương phải phù hợp với tình hình thực tế, khả năng cân đối của ngân sách nhà nước; mục tiêu, nhiệm vụ, dự kiến kết quả thực hiện kế hoạch hằng năm và tỷ lệ giải ngân vốn đầu tư công, kết quả thực hiện kế hoạch đầu tư công năm trước.
5. Không phân bổ vốn của Chương trình để chi cho các hoạt động thuộc nhiệm vụ quản lý nhà nước đã được bố trí đầy đủ từ nguồn vốn chi thường xuyên.