1. Quan hệ giữa Ban chỉ huy quân sự Bộ, ngành trung ương với Ban cán sự Đảng, Đảng đoàn, cấp ủy Đảng, người đứng đầu bộ, ngành trung ương là mối quan hệ chịu sự lãnh đạo, chỉ đạo, quản lý, điều hành về công tác quốc phòng.
2. Quan hệ giữa Ban chỉ huy quân sự Bộ, ngành trung ương với Bộ Quốc phòng là mối quan hệ chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn về công tác quốc phòng.
3. Quan hệ giữa Ban chỉ huy quân sự Bộ, ngành trung ương với Bộ Tư lệnh quân khu là mối quan hệ phối hợp, thực hiện hướng dẫn của Bộ Tư lệnh quân khu về công tác quốc phòng theo thẩm quyền.
4. Quan hệ giữa Ban chỉ huy quân sự Bộ, ngành trung ương với cơ quan chức năng thuộc Bộ Quốc phòng là mối quan hệ chịu sự hướng dẫn thực hiện công tác quốc phòng có liên quan.
5. Quan hệ giữa Ban chỉ huy quân sự Bộ, ngành trung ương với Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội, Bộ Tư lệnh thành phố Hồ Chí Minh, Bộ chỉ huy quân sự cấp tỉnh, Ban chỉ huy quân sự cấp huyện là mối quan hệ phối hợp chỉ đạo, hướng dẫn cơ quan, tổ chức thuộc Bộ, ngành, cơ quan, tổ chức của địa phương thuộc ngành, lĩnh vực quản lý thực hiện công tác quốc phòng có liên quan.
6. Quan hệ giữa Ban chỉ huy quân sự Bộ; ngành trung ương với Ban chỉ huy quân sự, cơ quan, tổ chức thuộc Bộ, ngành trung ương và Ban chỉ huy quân sự, cơ quan, tổ chức của địa phương thuộc ngành, lĩnh vực quản lý là mối quan hệ chỉ đạo, hướng dẫn về công tác quốc phòng có liên quan.