1. Ban chỉ huy quân sự Bộ, ngành trung ương (trừ Bộ Công an) làm việc theo chế độ kiêm nhiệm, gồm Chỉ huy trưởng là người đứng đầu hoặc cấp phó của người đứng đầu Bộ, ngành trung ương; Chính trị viên là Bí thư hoặc Phó bí thư ban cán sự Đảng, Đảng đoàn hoặc cấp ủy Đảng cùng cấp; Phó chỉ huy trưởng là lãnh đạo cấp vụ hoặc tương đương trở lên, Chính trị viên phó là lãnh đạo cấp vụ có chuyên môn phù hợp.
Căn cứ yêu cầu, nhiệm vụ quốc phòng, quân sự liên quan đến lĩnh vực quản lý, Bộ, ngành trung ương được bố trí không quá 03 Phó chỉ huy trưởng Ban chỉ huy quân sự.
2. Ban chỉ huy quân sự Bộ, ngành trung ương tham mưu cho Bộ, ngành trung ương lãnh đạo, chỉ đạo, quản lý, điều hành, hướng dẫn và tổ chức thực hiện nhiệm vụ quốc phòng theo quy định của Luật Quốc phòng, Nghị định này, quy định khác của pháp luật có liên quan, cấp có thẩm quyền giao và có nhiệm vụ, quyền hạn sau:
a) Chủ trì tham mưu ban hành,văn bản lãnh đạo, chỉ đạo, kế hoạch, hướng dẫn thực hiện công tác quốc phòng;
b) Chủ trì, phối hợp với cơ quan, tổ chức liên quan tuyên truyền, phổ biến đường lối, quan điểm của Đảng, chính sách, pháp luật của nhà nước về quốc phòng; thực hiện giáo dục quốc phòng và an ninh;
c) Chỉ đạo, hướng dẫn Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức thuộc Bộ, ngành quản lý thực hiện công tác dân quân tự vệ; công tác tuyển chọn và gọi công dân nhập ngũ;
d) Tham mưu xây dựng kế hoạch và huy động lực lượng dự bị động viên; động viên nguồn lực của Bộ, ngành trung ương bảo đảm cho quốc phòng; động viên bảo đảm nhu cầu quốc phòng năm đầu chiến tranh; động viên công nghiệp; chuyển tổ chức, hoạt động của Bộ, ngành trung ương từ thời bình sang thời chiến;
đ) Tham mưu, chỉ đạo, hướng dẫn và phối hợp xây dựng nền quốc phòng toàn dân, lực lượng vũ trang nhân dân, phòng thủ quân khu, khu vực phòng thủ, công nghiệp quốc phòng, an ninh;
e) Tham mưu, chỉ đạo, hướng dẫn và phối hợp thực hiện việc kết hợp kinh tế - xã hội, an ninh, đối ngoại với quốc phòng; thực hiện phòng thủ dân sự;
g) Thực hiện nhiệm vụ khác theo quy định của pháp luật và cấp có thẩm quyền giao.
3. Quy chế hoạt động của Ban chỉ huy quân sự Bộ, ngành trung ương do người đứng đầu Bộ, ngành trung ương ban hành.
4. Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quy định chức trách nhiệm vụ của Chỉ huy trưởng, Chính trị viên, Phó chỉ huy trưởng, Chính trị viên phó Ban chỉ huy quân sự Bộ, ngành trung ương.