- Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thành lập Ban chỉ đạo thực hiện việc chuyển đổi và đăng ký lại Hợp tác xã, Liên hiệp Hợp tác xã ở cấp tỉnh, thành phố, cấp quận huyện. Các ban này do 1 Phó Chủ tịch làm Trưởng ban, các thành viên là đại diện các ngành quản lý; mời đại diện liên minh Hợp tác xã tỉnh, thành phố và Hội Nông dân, Mặt trận Tổ quốc tham gia. Ban chỉ đạo có nhiệm vụ xây dựng kế hoạch và chỉ đạo thực hiện việc chuyển đổi Hợp tác xã, Liên hiệp hợp tác xã trong địa phương mình. Ban chỉ đạp giải thể khi các Hợp tác xã, Liên hiệp Hợp tác xã hoàn thành xong việc chuyển đổi và đăng ký lại.
Các Bộ quản lý ngành kinh tế kỹ thuật, các Bộ quản lý tổng hợp theo chức năng nhiệm vụ của mình có trách nhiệm chỉ đạo và hướng dẫn thực hiện những quy định tại Nghị định này.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư có trách nhiệm theo dõi và tổng hợp tình hình báo cáo Thủ tướng Chính phủ.