Tổ chức, cá nhân có quyền khiếu nại việc thi hành không đúng Luật thuế sử dụng đất nông nghiệp. Trong khi chờ giải quyết, người khiếu nại phải nộp đủ và đúng thời hạn số thuế, tiền phạt đã được thông báo.
Trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày nhận được thông báo nộp thuế, người nộp thuế có quyền khiếu nại. Đơn khiếu nại phải được gửi đến Uỷ ban nhân dân xã, phường, thị trấn nơi lập sổ thuế. Uỷ ban nhân dân xã, phường, thị trấn phải xem xét, có ý kiến và chuyển ngay lên Uỷ ban nhân dân huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh. Chi cục thuế có trách nhiệm trước Uỷ ban nhân dân huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh giải quyết khiếu nại trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày nhân đơn; đối với những vụ phức tạp, có thể kéo dài thời hạn, nhưng không quá 60 ngày. Quá thời hạn này mà chưa giải quyết, thì chi cục trưởng chi cục thuế phải chịu trách nhiệm về hậu quả do việc chậm xử lý gây ra.
Cơ quan thuế phải thoái trả số thuế, tiền phạt đã thu không đúng Luật trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày ra quyết định giải quyết khiếu nại; nếu quá thời hạn trên, thì mỗi ngày chậm thoái trả bị phạt tiền bằng 0,2% số tiền thuế, tiền phạt cho người được thoái trả.