1. Cục Quản lý tài nguyên nước chủ trì, phối hợp với Tổng cục Môi trường, Sở Tài nguyên và Môi trường tổ chức thực hiện, đề xuất Bộ Tài nguyên và Môi trường, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xem xét, quyết định theo thẩm quyền quy định tại Điều 15 Thông tư này đối với các nội dung quy định tại Khoản 3 Điều 4; Khoản 2 Điều 6; Khoản 2 Điều 7; Khoản 3 Điều 8; Điểm d Khoản 1, Khoản 3 Điều 9; Khoản 2 Điều 10; Khoản 4 Điều 13 Thông tư này và nội dung quy định tại Khoản 2 Điều này.
2. Định kỳ năm (05) năm một lần tổ chức thực hiện việc đánh giá khả năng tiếp nhận nước thải, sức chịu tải của nguồn nước sông, hồ vào trước kỳ quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội hoặc do cơ quan có thẩm quyền phê duyệt khả năng tiếp nhận nước thải, sức chịu tải của nguồn nước quy định tại Khoản 1 Điều 15 Thông tư này xem xét, quyết định việc đánh giá lại khả năng tiếp nhận nước thải, sức chịu tải của nguồn nước khi có một trong các trường hợp sau:
a) Có sự điều chỉnh quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội liên quan đến mục đích sử dụng nước, hoạt động xả nước thải vào nguồn nước;
b) Có dự án, công trình khai thác, sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước mới mà làm thay đổi lớn đến chế độ dòng chảy, chất lượng nước sông, hồ;
c) Theo yêu cầu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
3. Cục Quản lý tài nguyên nước chủ trì, phối hợp với Tổng cục Môi trường hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện Thông tư này.
4. Tổng cục Môi trường phối hợp với Cục Quản lý tài nguyên nước tổ chức điều tra, thống kê, xây dựng cơ sở dữ liệu các nguồn nước thải xả vào sông liên tỉnh, sông liên quốc gia.
5. Các Bộ, cơ quan ngang Bộ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Sở Tài nguyên và Môi trường và tổ chức, cá nhân có liên quan chịu trách nhiệm thực hiện Thông tư này.
6. Trường hợp đối với sông, hồ chưa được phê duyệt khả năng tiếp nhận nước thải, sức chịu tải thì cơ quan nhà nước có thẩm quyền có thể căn cứ vào kết quả tự đánh giá khả năng tiếp nhận nước thải đối với nguồn nước tiếp nhận của tổ chức, cá nhân có nhu cầu xả thải vào nguồn nước trên cơ sở quy định của Thông tư này để xem xét, quyết định việc chấp thuận, phê duyệt, cấp phép theo quy định của pháp luật, số lượng mỗi loại mẫu nước sông, hồ tại khu vực tiếp nhận và nước thải (nếu có) từ 1 đến 3 mẫu và được xác định trên cơ sở đặc điểm nguồn nước tiếp nhận, tính chất, quy mô của nguồn nước thải.