Thông tư này có hiệu lực từ ngày 1/3/2013, áp dụng cho ngân sách từ năm 2013 trở đi, thay thế Thông tư số 212/2009/TT-BTC ngày 6/11/2009 về việc hướng dẫn thực hiện kế toán nhà nước áp dụng cho Hệ thống thông tin quản lý Ngân sách và nghiệp vụ Kho bạc (TABMIS), Quyết định số 120/2008/QĐ-BTC ngày 22/12/2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành Chế độ kế toán ngân sách nhà nước và hoạt động nghiệp vụ Kho bạc Nhà nước và Thông tư số 130/2009/TT-BTC ngày 24/6/2009 về việc quy định Hệ thống báo cáo tài chính và báo cáo kế toán quản trị áp dụng trong Chế độ kế toán NSNN và hoạt động nghiệp vụ KBNN ban hành theo Quyết định số 120/2008/QĐ-BTC ngày 22/12/2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Tổng Giám đốc KBNN ban hành công văn hướng dẫn, trình Bộ trưởng Bộ Tài chính công văn hướng dẫn đối với việc xử lý cuối kỳ đối với số liệu thuộc ngân sách các năm trước năm 2013, phù hợp với quy định của Thông tư này và các văn bản có liên quan.