Tổ chuyên môn của trường chuyên được thành lập, thực hiện nhiệm vụ theo quy định tại Điều lệ trường trung học cơ sở, trường trung học phổ thông và trường phổ thông có nhiều cấp học và có thêm các nhiệm vụ sau:
1. Phát triển chương trình, xây dựng tài liệu dạy học môn chuyên theo chương trình giáo dục nâng cao đối với môn chuyên do Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo quy định; nghiên cứu, áp dụng các phương pháp dạy học, phương pháp kiểm tra, đánh giá tiên tiến vào dạy học, kiểm tra, đánh giá kết quả học tập và rèn luyện của học sinh.
2. Tham mưu hiệu trưởng xây dựng, tổ chức thực hiện kế hoạch phát triển hoạt động hợp tác giữa nhà trường với các cơ sở giáo dục và đào tạo, cơ sở nghiên cứu khoa học chất lượng cao trong nước, nước ngoài để nâng cao chất lượng giáo dục và quản lý.
3. Tổ chức nghiên cứu khoa học, tự làm thiết bị, đồ dùng dạy học; hỗ trợ giáo viên nghiên cứu khoa học và hướng dẫn học sinh nghiên cứu khoa học.
4. Xây dựng đội ngũ giáo viên của tổ chuyên môn làm nòng cốt cho các hoạt động chuyên môn của nhà trường và của tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
5. Tổ chức việc bồi dưỡng phát triển năng lực chuyên môn, nghiệp vụ của các thành viên trong tổ.
6. Theo dõi quá trình học tập và làm việc của cựu học sinh.
7. Trong mỗi năm học, chủ trì tổ chức ít nhất 01 (một) lần sinh hoạt chuyên môn có mời giáo viên của các trường trung học cơ sở, trung học phổ thông khác tham dự nhằm chia sẻ những giải pháp, kết quả thực hiện của tổ chuyên môn trong việc nghiên cứu vận dụng hiệu quả chương trình giáo dục và các phương pháp dạy học, phương pháp kiểm tra, đánh giá tiên tiến trong nước và quốc tế.