1. Khoa Y, dược cổ truyền chịu sự chỉ đạo về chuyên môn kỹ thuật y dược cổ truyền của Bệnh viện Y, dược cổ truyền cùng cấp:
a) Khoa Y, dược cổ truyền các bệnh viện tuyến trung ương chịu sự chỉ đạo chuyên môn kỹ thuật của Bệnh viện y học cổ truyền tuyến Trung ương;
b) Khoa Y, dược cổ truyền tuyến tỉnh chịu sự chỉ đạo chuyên môn kỹ thuật của Bệnh viện y dược cổ truyền tỉnh;
Đối với tỉnh chưa có Bệnh viện Y, dược cổ truyền tỉnh thì Khoa Y, dược cổ truyền của bệnh viện đa khoa tỉnh là đầu mối triển khai công tác phát triển y, dược cổ truyền của tỉnh.
Khoa Y dược cổ truyền của bệnh viện trung ương đóng tại địa bàn tỉnh, tùy từng trường hợp cụ thể, Bộ Y tế sẽ hướng dẫn chi tiết về mối quan hệ chuyên môn nghiệp vụ.
2. Phối hợp với Bệnh viện y dược cổ truyền cùng cấp xây dựng kế hoạch phát triển y, dược cổ truyền tại địa phương trình cấp có thẩm quyền phê duyệt; chuyển giao quy trình kỹ thuật y học cổ truyền và kết hợp y học cổ truyền với y học hiện đại cho tuyến dưới.
3. Tiếp nhận chuyển giao kỹ thuật y học cổ truyền, kết hợp y học cổ truyền với y học hiện đại từ bệnh viện y dược cổ truyền tuyến trên và bệnh viện y, dược cổ truyền cùng cấp.