1. Lãnh đạo Sở
a) Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có Giám đốc và các Phó Giám đốc.
Số lượng Phó Giám đốc do Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định.
b) Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là Ủy viên Ủy ban nhân dân tỉnh do Hội đồng nhân dân tỉnh bầu, là người đứng đầu Sở chịu trách nhiệm trước Ủy ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh và trước pháp luật về thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Sở và thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của Ủy viên Ủy ban nhân dân tỉnh theo Quy chế làm việc và phân công của Ủy ban nhân dân tỉnh;
c) Phó Giám đốc Sở giúp Giám đốc Sở thực hiện một hoặc một số nhiệm vụ cụ thể do Giám đốc Sở phân công và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở, trước pháp luật về việc thực hiện nhiệm vụ được phân công. Phó Giám đốc Sở không kiêm nhiệm người đứng đầu tổ chức, đơn vị thuộc và trực thuộc Sở, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.
d) Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện chế độ, chính sách khác đối với Giám đốc, Phó Giám đốc Sở do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định theo quy định của pháp luật.
2. Cơ cấu tổ chức:
a) Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở
- Văn phòng Sở;
- Thanh tra Sở;
- Phòng Kế hoạch, Tài chính;
- Phòng Tổ chức cán bộ;
- Phòng Quản lý xây dựng công trình.
b) Các Chi cục thuộc Sở
- Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật;
- Chi cục Chăn nuôi và Thú y;
- Chi cục Kiểm lâm;
- Chi cục Thủy sản;
- Chi cục Thủy lợi;
- Chi cục Phát triển nông thôn;
- Chi cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản.
c) Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc
- Trung tâm Khuyến nông;
- Trung tâm Giống;
- Trung tâm Quy hoạch và Thiết kế Nông lâm nghiệp;
- Ban Quản lý Cảng cá Thừa Thiên Huế;
- Ban Quản lý Khu Bảo tồn thiên nhiên Phong Điền;
- Ban Quản lý Khu Bảo tồn Sao La;
- Ban Quản lý Rừng phòng hộ Sông Bồ;
- Ban Quản lý Rừng phòng hộ Sông Hương;
- Ban Quản lý Rừng phòng hộ Nam Đông;
- Ban Quản lý Rừng phòng hộ A Lưới;
- Ban Quản lý Rừng phòng hộ Hương Thủy;
- Ban Quản lý Rừng phòng hộ Bắc Hải Vân.
Việc quy định nhiệm vụ, quyền hạn của các phòng chuyên môn, các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở; việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện chế độ, chính sách khác thực hiện theo quy định hiện hành và phân cấp của Ủy ban nhân dân tỉnh.