1. Đối với Thanh tra Chính phủ
Thanh tra tỉnh chịu sự chỉ đạo, kiểm tra, hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của Thanh tra Chính phủ. Chánh Thanh tra tỉnh có trách nhiệm báo cáo tình hình công tác chuyên môn và cung cấp thông tin tài liệu cho Thanh tra Chính phủ theo định kỳ và theo yêu cầu đột xuất.
2. Đối với Hội đồng nhân dân tỉnh
Thanh tra tỉnh chịu sự giám sát của Hội đồng nhân dân tỉnh trong việc triển khai thực hiện nhiệm vụ trên lĩnh vực thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng; có trách nhiệm báo cáo, trình bày, cung cấp tài liệu cần thiết cho Hội đồng nhân dân tỉnh phục vụ công tác giám sát; trả lời chất vấn, kiến nghị của đại biểu Hội đồng nhân dân tỉnh về những vấn đề có liên quan đến chức năng, nhiệm vụ của Thanh tra tỉnh.
3. Đối với Ủy ban nhân dân tỉnh
a) Thanh tra tỉnh chịu sự chỉ đạo, điều hành của Ủy ban nhân dân tỉnh mà trực tiếp là Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh. Chánh Thanh tra tỉnh chấp hành các quyết định, chỉ thị của Ủy ban nhân dân tỉnh, định kỳ báo cáo công tác tháng, quý, năm với Ủy ban nhân dân tỉnh theo quy định.
b) Trước khi tổ chức thực hiện các chủ trương, chỉ đạo của Thanh tra Chính phủ và các Bộ, ngành Trung ương có liên quan đến chương trình kế hoạch chung của tỉnh, Thanh tra tỉnh báo cáo xin ý kiến chỉ đạo của Ủy ban nhân dân tỉnh.
4. Đối với Đảng ủy khối các cơ quan tỉnh
Thanh tra tỉnh báo cáo và xin ý kiến Đảng ủy khối về vấn đề liên quan đến tổ chức cán bộ theo thẩm quyền.
5. Đối với các sở, ban, ngành và đoàn thể
a) Thanh tra tỉnh tăng cường mối quan hệ với các sở, ban, ngành và đoàn thể trên nguyên tắc cộng đồng trách nhiệm, hỗ trợ lẫn nhau theo chức năng của từng cơ quan để hoàn thành nhiệm vụ chính trị chung của tỉnh và nhiệm vụ riêng của mỗi cơ quan.
b) Thanh tra tỉnh có nhiệm vụ hướng dẫn, giúp đỡ về chuyên môn, nghiệp vụ, các lĩnh vực công tác thuộc chức năng quản lý nhà nước của Thanh tra tỉnh đối với các các sở, ban, ngành thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh. Phối hợp với các sở, ban, ngành trong việc giải quyết các vấn đề có liên quan đến công tác thanh tra, công tác tổ chức cán bộ của Thanh tra sở, ban, ngành.
c) Các sở, ban, ngành, đoàn thể chịu sự kiểm tra của Thanh tra tỉnh trong việc thực hiện pháp luật về thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng.
6. Đối với các cơ quan đơn vị ngành dọc của Trung ương đóng trên địa bàn tỉnh
Thực hiện mối quan hệ bình đẳng cùng bàn bạc, trao đổi thống nhất trong việc giải quyết các nhiệm vụ có liên quan, đảm bảo thực hiện đầy đủ các nguyên tắc theo quy định của pháp luật.
7. Đối với Ủy ban nhân dân các huyện, thành phố thuộc tỉnh
a) Thanh tra tỉnh có nhiệm vụ hướng dẫn, giúp đỡ về chuyên môn, nghiệp vụ, các lĩnh vực công tác thuộc chức năng quản lý nhà nước của Thanh tra tỉnh đối với Ủy ban nhân dân các huyện, thành phố Long Khánh và thành phố Biên Hòa. Phối hợp với Ủy ban nhân dân các huyện, thành phố Long Khánh và thành phố Biên Hòa trong việc giải quyết các vấn đề có liên quan đến công tác thanh tra, công tác tổ chức, đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức của Thanh tra các huyện, thành phố Long Khánh và thành phố Biên Hòa.
b) Ủy ban nhân dân các huyện, thành phố Long Khánh và thành phố Biên Hòa chịu sự kiểm tra của Thanh tra tỉnh trong việc thực hiện pháp luật về thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng chống tham nhũng.