1. Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Quảng Ngãi có Giám đốc và không quá 04 Phó Giám đốc.
2. Giám đốc Sở là Ủy viên UBND tỉnh do HĐND tỉnh bầu; thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của Ủy viên UBND tỉnh theo Quy chế làm việc và phân công của UBND tỉnh; là người đứng đầu Sở, chịu trách nhiệm trước Ủy ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh và trước pháp luật về thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Sở; đồng thời thực hiện các chức trách, nhiệm vụ của Giám đốc Sở theo quy định của Nhà nước.
3. Phó Giám đốc Sở là người giúp Giám đốc Sở phụ trách, chỉ đạo một số mặt công tác của các cơ quan, đơn vị thuộc và trực thuộc Sở; chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở và trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc Sở đi công tác hay vắng mặt, một Phó Giám đốc Sở được Giám đốc Sở ủy nhiệm thay Giám đốc Sở điều hành các hoạt động của Sở. Phó Giám đốc Sở không kiêm nhiệm người đứng đầu tổ chức, đơn vị thuộc và trực thuộc Sở, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.
4. Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, cho từ chức, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, nghỉ hưu và thực hiện chế độ, chính sách đối với Giám đốc và Phó Giám đốc Sở do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định theo quy định của Đảng và của pháp luật.