Cơ cấu tổ chức của Chi cục Bảo vệ môi trường gồm Lãnh đạo Chi cục và các chuyên viên.
1. Lãnh đạo Chi cục: Chi cục Bảo vệ môi trường có Chi cục trưởng và không quá hai (02) Phó Chi cục trưởng.
a) Chi cục trưởng là người đứng đầu Chi cục, chịu trách nhiệm trước pháp luật và trước Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường về mọi hoạt động của Chi cục Bảo vệ môi trường;
b) Phó Chi cục trưởng là người giúp Chi cục trưởng thực hiện một số nhiệm vụ do Chi cục trưởng phân công, chịu trách nhiệm trước pháp luật và trước Chi cục trưởng về nhiệm vụ được phân công. Khi Chi cục trưởng vắng mặt, một Phó Chi cục trưởng được ủy quyền điều hành hoạt động của Chi cục Bảo vệ môi trường;
c) Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện các chế độ, chính sách đối với Chi cục trưởng, các Phó Chi cục trưởng do Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường quyết định và thực hiện theo quy trình, quy định của pháp luật hiện hành.
2. Các chuyên viên thuộc Chi cục Bảo vệ môi trường.