1. Thanh tra Ủy ban ở Trung ương chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn về công tác, tổ chức và nghiệp vụ thanh tra của Thanh tra Chính phủ; có trách nhiệm hướng dẫn nghiệp vụ thanh tra chuyên ngành cho Thanh tra Ủy ban cấp tỉnh; hướng dẫn hoặc chủ trì tổ chức các cuộc thanh tra liên ngành; hướng dẫn, kiểm tra về công tác thanh tra nội bộ.
2. Thanh tra Ủy ban cấp tỉnh chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn về công tác, tổ chức và nghiệp vụ thanh tra hành chính của Thanh tra tỉnh, về công tác và nghiệp vụ thanh tra chuyên ngành của Thanh tra Ủy ban ở Trung ương; có trách nhiệm cử cán bộ, công chức tham gia các Đoàn thanh tra do Thanh tra Ủy ban ở Trung ương tổ chức hoặc tổ chức các cuộc thanh tra đột xuất theo yêu cầu của Thanh tra Ủy ban ở Trung ương.
3. Các tổ chức Thanh tra Dân số, Gia đình và Trẻ em trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình có trách nhiệm phối hợp với cơ quan Công an, Viện kiểm sát, Biên phòng, Cảnh sát biển, thanh tra chuyên ngành khác, Ủy ban nhân dân các cấp và các cơ quan, tổ chức có liên quan; đồng thời các cơ quan này có trách nhiệm phối hợp với cơ quan Thanh tra dân số, gia đình và trẻ em trong việc phòng ngừa, phát hiện và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật về dân số, gia đình và trẻ em nói riêng.