Tổ chức, hộ gia đình, cá nhân có quyền khiếu nại việc thi hành không đúng Luật thuế chuyển quyền sử dụng đất. Cơ quan thuế các cấp chịu trách nhiệm giải quyết khiếu nại việc thi hành Luật thuế chuyển quyền sử dụng đất.
Đơn khiếu nại phải gửi đến cơ quan thuế phát hành thông báo thu thuế hoặc quyết định xử lý, trong thời hạn 30 ngày (ba mươi ngày), kể từ ngày nhận được thông báo thu thuế hoặc quyết định xử lý.
Trong khi chờ giải quyết, người khiếu nại phải nộp đủ và đúng thời hạn số tiền thuế, tiền phạt đã được thông báo.
Cơ quan nhận đơn khiếu nại phải xem xét, giải quyết trong thời hạn 15 ngày (mười lăm ngày), kể từ ngày nhận đơn. Đối với vụ việc khiếu nại phức tạp thì thời hạn có thể kéo dài, nhưng không được quá 30 ngày (ba mươi ngày), kể từ ngày nhận đơn.