Việc nộp thuế tiêu thụ đặc biệt quy định như sau:
Cơ sở sản xuất có số thuế phát sinh lớn phải kê khai, nộp thuế tiêu thụ đặc biệt khi bán hàng, trả hàng gia công theo thông báo của cơ quan thuế. Cơ quan thuế cử cán bộ quản lý thường xuyên tại cơ sở sản xuất, kiểm tra và đôn đốc để cơ sở nộp thuế kịp thời vào Kho bạc Nhà nước.
Trường hợp xuất hàng, kể cả xuất hàng cho cơ sở đại lý, ký gửi, uỷ thác... nhưng chưa thu được tiền thì hạn nộp thuế là ngày thu được tiền, nhưng chậm nhất không quá 14 ngày kể từ ngày phát hành thông báo thuế.
Đối với cơ sở sản xuất nhỏ, trên cơ sở khoán số lượng hàng hoá sản xuất tiêu thụ, thuế tiêu thụ đặc biệt nộp theo định kỳ vào ngày 10, ngày 20 và ngày cuối tháng theo thông báo của cơ quan thuế trong từng kỳ nộp thuế.
Trường hợp thuế tiêu thụ đặc biệt thu vào cơ sở thu mua thì cơ sở thu mua phải kê khai với cơ quan thuế nơi thu mua và nộp thuế tiêu thụ đặc biệt theo từng lô hàng thu mua hoặc theo từng chuyến hàng trước khi vận chuyển.
Tổ chức, cá nhân chậm nộp tiền thuế hoặc tiền phạt ghi trong thông báo thuế, lệnh thu thuế hoặc quyết định xử phạt, thì ngoài việc phải nộp đủ số tiền thuế hoặc tiền phạt theo quy định, mỗi ngày chậm nộp còn bị phạt 0, 2% (hai phần nghìn) trên số tiền nộp chậm.